Στόχος του έργου που επιτελέσθηκε στον αρχαιολογικό χώρο Βόρειας και Νότιας Κλιτύος Ακροπόλεως στο πλαίσιο της Ενοποίησης των Αρχαιολογικών Χώρων της Αθήνας υπήρξε η σύνδεση των Κλιτύων μεταξύ τους και η συνολική απόδοσή τους στο κοινό, η ανάδειξη των μνημείων και η αύξηση της αντιληπτικότητάς τους και τέλος η βελτίωση της λειτουργικότητας του χώρου, μέσα από την επέκταση ή την αναβάθμιση των υφιστάμενων υποδομών.
Οι επεμβάσεις που πραγματοποιήθηκαν βασίσθηκαν στις επιστημονικές μελέτες του Ι. Τραυλού και του Μ. Κορρέ για την αρχαία πολεοδομία της περιοχής καθώς και στην μελέτη Συνολικής Ανάδειξης του Αρχαιολογικού Χώρου, η οποία εκπονήθηκε επίσης στο πλαίσιο της Ενοποίησης.
Όλες οι επεμβάσεις στα μνημεία καθώς και οι τεχνικές κατασκευές έγιναν με συμβατά υλικά, με διακριτό τρόπο και με εξασφαλισμένη την αναστρεψιμότητά τους. Για όλες τις εργασίες που πραγματοποιήθηκαν έγινε σχολαστική καταγραφή στο τηρούμενο ημερολόγιο έργου καθώς και αναλυτική φωτογραφική και σχεδιαστική τεκμηρίωση, παράλληλα με τη σύνταξη των τριμηνιαίων και ετήσιων τευχών απολογισμού των εργασιών και των δελτίων παρακολούθησης του έργου. Ιδιαίτερη μέριμνα λήφθηκε τέλος, ήδη από την έναρξη του έργου, για την αναλυτική αρχαιολογική και αρχιτεκτονική τεκμηρίωση. Στο πλαίσιο αυτό συντάχθηκε ο αρχαιολογικός χάρτης, που περιλαμβάνει όλες τις επιμέρους αποτυπώσεις των μνημείων, πραγματοποιήθηκε συστηματική αποδελτίωση του αρχείου από το 1898, συγκροτήθηκαν φωτογραφικά αρχεία, και τέλος έγινε καταλογογράφηση των ευρημάτων των παλαιών ανασκαφών που φυλάσσονται σε Μουσεία εκτός αρμοδιότητας της Εφορείας. Οι εργασίες που υλοποιήθηκαν στο πλαίσιο του Β' και Γ' ΚΠΣ άρχισαν το Δεκέμβριο του 1997 και ολοκληρώθηκαν τον Αύγουστο του 2004, οπότε και απορροφήθηκε το προβλεπόμενο ποσό χρηματοδότησης.
Οι πρόδρομες εργασίες που υλοποιήθηκαν στο πλαίσιο του Β' ΚΠΣ αφορούσαν στην αναλυτική αρχαιολογική και επιστημονική τεκμηρίωση των μνημείων καθώς και στην αποτύπωση της υφιστάμενης κατάστασης, για την χάραξη των κατευθυντήριων γραμμών και την παρακολούθηση της μελέτης. Παράλληλα έγιναν ευρείας κλίμακας καθαρισμοί και αποχωματώσεις για την ανάκτηση της μετανασκαφικής εικόνας των μνημείων και την χάραξη των διαδρομών, διευθετήσεις διάσπαρτων μαρμάρινων μελών, αντιστηρίξεις πρανών και αρχαίων αναλημμάτων. Ιδιαίτερη σημασία δόθηκε επίσης στην εκτέλεση τεχνικών έργων, όπως η έναρξη της εγκατάστασης δικτύου πυρόσβεσης και η αντικατάσταση μεγάλων τμημάτων της περίφραξης του χώρου.
Τα έργα αυτεπιστασίας που υλοποιήθηκαν στο πλαίσιο του Γ’ ΚΠΣ αφορούσαν κατά κύριο λόγο στην εφαρμογή των εγκεκριμένων επεμβάσεων για την οριζοντιογραφική αποκατάσταση του δικτύου των αρχαίων διαδρομών, την υλοποίηση των επιστρώσεων καθώς και την χωροθέτηση των νέων εισόδων του αρχαιολογικού χώρου.
Ειδικότερα:
Α) Διαμορφώθηκαν και επιστρώθηκαν οι διαδρομές σε έκταση μήκους 1.000 περίπου μέτρων, προκειμένου να εξασφαλισθεί μια οργανωμένη περιμετρική πορεία του επισκέπτη μέσα στον αρχαιολογικό χώρο συμβατή με την αρχαία τοπογραφία, αλλά όχι πάντα στο αρχαίο επίπεδο. Κεντρικό άξονα αποτέλεσαν οι αρχαίες οδοί που περιέβαλλαν το ιερό του Διονύσου και ο Περίπατος. Β) Πραγματοποιήθηκαν μικρής κλίμακας αναστηλώσεις, στερεώσεις και συντηρήσεις μνημείων με στόχο την προστασία και την ανάδειξή τους. Γ) Συντηρήθηκαν τα σημαντικότερα γλυπτά και υλοποιήθηκε η έκθεση τους σε δύο στέγαστρα, τα οποία κατασκευάσθηκαν από την Εταιρεία Ενοποίησης Αρχαιολογικών Χώρων Αθήνας Α.Ε. Δ) Αναβαθμίσθηκαν οι υποδομές εξυπηρέτησης κοινού, με την τοποθέτηση κλιμάκων ανόδου για την εύκολη πρόσβαση στα μνημεία, δημιουργήθηκαν καθιστικά και χώροι στάσης-θέασης και τοποθετήθηκαν ενημερωτικές πινακίδες στα σημαντικότερα μνημεία, ώστε να εξασφαλισθεί η αναγνωσιμότητά τους, καθώς και λίθινες πινακίδες σήμανσης. Ζ) Ιδιαίτερη βαρύτητα δόθηκε στην βελτίωση του μηχανολογικού εξοπλισμού και την κατασκευή των απαραίτητων δικτύων για την ασφάλεια του χώρου. Παράλληλα η ΕΑΧΑ Α.Ε. ανέλαβε την αντικατάσταση μεγάλων τμημάτων της περίφραξης καθώς και τη διαμόρφωση νέας εισόδου στην συμβολή της Δ. Αρεοπαγίτου με την οδό Θρασύλλου., ενώ η Διεύθυνση Αναστήλωσης Αρχαίων Μνημείων τέλος υλοποίησε την καττην κατασκευή των φυλακίων-εκδοτηρίων στην κύρια είσοδο καθώς και σε μια δεύτερη είσοδο που διαμορφώθηκε στη Βόρεια Κλιτύ