​Στο πλαίσιο του έργου κατά τη β΄ φάση θα πραγματοποιηθούν οι παρακάτω εργασίες:  Διενέργεια ενέσεων ομογενοποίησης των τοιχοποιιών (εφαρμογή ενεμάτων), επικάλυψη της θολοδομίας με μολύβι και διαμόρφωση φωτιστικών οπών, καθαρισμοί και επισκευές δαπέδων, ανακατασκευή τρούλων, ανακτίσεις τοιχοποιιών, αποκατάσταση των δαπέδων του χώρου της εισόδου (ψυχρός χώρος), ανακατασκευή πεσσών, εξωτερική περίδεση με συρματόσχοινα, συντήρηση σωζόμενων επιχρισμάτων και διακοσμητικών μοτίβων στο εσωτερικό του μνημείου, προμήθεια και τοποθέτηση κουφωμάτων, τοποθέτηση Η/Μ εγκαταστάσεων, αρχιτεκτονική αποτύπωση τεκμηρίωσης προόδου εργασιών, υλοποίηση Μελέτης Φωτισμού και Πυρασφάλειας, κατασκευή και τοποθέτηση, διαδρόμων πρόσβασης κοινού (συμπεριλαμβανομένων ΑΜΕΑ), κατασκευή περιμετρικής αποστράγγισης και διαμόρφωση του άμεσου περιβάλλοντος χώρου του μνημείου, έκδοση πληροφοριακού υλικού (οδηγό, φυλλάδιο και φυλλάδιο σε γραφή Braille), τοποθέτηση πληροφοριακών πινακίδων (και σε γραφή Braille), διοργάνωση ημερίδας – φωτογραφικής έκθεσης.