Η Προϊστορική Συλλογή του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου συμμετέχει στο πρόγραμμα με τίτλο MU.S.EU.M. (Multimedial System for a European Museum), το οποίο εντάσσεται στο κοινοτικό πρόγραμμα Leonardo Da Vinci. Στόχος του είναι η δημιουργία ενός Ευρωπαϊκού εικονικού Μουσείου για την προϊστορική εποχή της Ευρώπης. Στο πρόγραμμα συμμετέχουν, εκτός του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου, το Εθνικό Μουσείο της Σόφιας (Βουλγαρία), το Μουσείο Προϊστορίας και Πρωτοϊστορίας του Βερολίνου (Γερμανία), το Μουσείο Ιστορίας της Βουδαπέστης (Ουγγαρία), το Τμήμα Προϊστορίας του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας της Βιέννης (Αυστρία), το Μουσείο Ιστορίας του Βουκουρεστίου (Ρουμανία), το Εθνικό Μουσείο Προϊστορίας – Εθνογραφίας L. Pigorini της Ρώμης (Ιταλία) και το Πανεπιστήμιο Alba Julia της Ρουμανίας.
Δέκα περίπου έργα επελέγησαν από κάθε Μουσείο, με βάση κοινά γνωρίσματα, για να συνθέσουν το εικονικό Μουσείο. Από το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο παρουσιάζονται σημαντικά έργα, κυρίως της Νεολιθικής Εποχής (ειδώλια, αγγεία και χρυσό περίαπτο), μία πινακίδα της Γραμμικής Β γραφής και ένας ενεπίγραφος αμφορέας της μυκηναϊκής εποχής. Υπεύθυνη του προγράμματος είναι η κ. Αλεξάνδρα Χριστοπούλου.