Στο πλαίσιο ενεργοποίησης των Εκπαιδευτικών Πολιτιστικών Δικτύων του ΥΠ.ΠΟ. και του διυπουργικού προγράμματος "ΜΕΛΙΝΑ. Εκπαίδευση και Πολιτισμός", κατά τη διάρκεια του 1998, εντάχθηκε στις μόνιμες εκπαιδευτικές δράσεις της ΙΣΤ' Ε.Π.Κ.Α. το πρόγραμμα με τίτλο "Η Αρχαία Αγορά της Θεσσαλονίκης. Ιστορία και Τοπογραφία".
Βασικό σκεπτικό του προγράμματος υπήρξε ο επαναπροσδιορισμός και η επανανατροφοδότηση της σχέσης αρχαιολογικού χώρου και μαθητών, έτσι ώστε ο αρχαιολογικός χώρος να αποτελέσει πλέον ένα κέντρο ευρύτερης μορφωτικής-εκπαιδευτικής αποστολής και οι μαθητές από απλοί θεατές, να μυηθούν με βιωματικό τρόπο στον πολιτισμό του παρελθόντος και να καταστούν διαχειριστές της ιστορικής πληροφορίας. Βασικό άξονα του σκεπτικού για την οργάνωση του προγράμματος αποτελεί η μετατροπή των απλών ξεναγήσεων στους αρχαιολογικούς χώρους σε κομβικά σημεία ζωντανής παρουσίασης της σχολικής διδακτέας ύλης, όπου η επαφή του παιδιού με το μνημείο καταγράφει στη σκέψη του το ύφος του χώρου και την αισθητική του αντίληψη.
Ο εκπαιδευτικός φάκελος που έχει σχεδιαστεί, αφορά την ιστορία της αρχαίας αγοράς και την παρουσίαση των βασικών μνημείων που την απαρτίζουν. Στόχος του είναι να βοηθήσει τους μαθητές αλλά και το ευρύτερο κοινό να γνωρίσουν την ιστορία της πόλης, ιδιαίτερα κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους, που αποτελούν μία ιδιαίτερα λαμπρή περίοδο στη μακρά ιστορική πορεία της Θεσσαλονίκης.
Επιπλέον, γίνεται προσπάθεια οι μαθητές να εξοικιωθούν με την οργάνωση του χώρου της αρχαίας αγοράς, όπως αυτή αποκαλύπτεται μέσα από τα σημαντικά μνημεία της που σώζονται μέσα στην καρδιά του κέντρου της σύγχρονης Θεσσαλονίκης, και που με τον τρόπο αυτό, αποτελούν ζωτικό κομμάτι της καθημερινής τους ζωής. Τέλος, μέσα από το συγκεκριμένο πρόγραμμα οι μαθητές έχουν τη σπάνια ευκαιρία να προσεγγίσουν έναν αρχαιολογικό χώρο όπου οι εργασίες ανασκαφής και αναστήλωσης βρίσκονται σε εξέλιξη.
Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα της αρχαίας αγοράς της Θεσσαλονίκης αποτελεί μία ολοκληρωμένη θεματική εκπαιδευτική παρέμβαση, η οποία επηρεάζει σημαντικά την εξέλιξη του παιδιού και διαμορφώνει ένα νέο τύπο πολίτη που θα διαμορφώσει ένα νέο κοινωνικό πλαίσιο, μία νέα πολιτισμική πραγματικότητα. Αυτός ο άξονας δραστηριότητας στηρίζεται στην παγιωμένη άποψή μας ότι ο πολιτισμός και η εκπαίδευση είναι δύο άρρηκτα δεμένες μεταξύ τους έννοιες που βρίσκονται σε διαλεκτική σχέση, η οποία μπορεί να προσφέρει ιδανικό όραμα σε μία παιδεία που αναζητά μία φωνή περισσότερο πειστική για τους νέους.

Στο πλαίσιο του προγράμματος "ΜΕΛΙΝΑ. Εκπαίδευση και Πολιτισμός" η ΙΣΤ' Ε.Π.Κ.Α. εγκαινίασε τις εκπαιδευτικές της δραστηριότητες θέτοντας σε εφαρμογή το πρόγραμμα με τίτλο ''Η Αρχαία Αγορά της Θεσσαλονίκης. Ιστορία και Τοπογραφία'' στον ομώνυμο αρχαιολογικό χώρο.
Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα σχεδιάστηκε πιλοτικά τον Οκτώβριο του 1998 και λειτουργεί μέχρι σήμερα. Το καλοκαίρι του 2004, στο πλαίσιο του θεσμού των θερινών εκπαιδευτικών προγραμμάτων της Εφορείας, πραγματοποιήθηκε στην Κρυπτή Στοά της Ρωμαϊκής αγοράς Θεσσαλονίκης, με αφορμή την έκθεση ''Αρχαίες αγροικίες σε σύγχρονους δρόμους'' το εκπαιδευτικό πρόγραμμα ''Περίπατος σε ένα αρχαίο αγρόκτημα'', ενώ το καλοκαίρι του 2005 λειτούργησε το πρόγραμμα ''Ανακαλύπτω τη ρωμαϊκή αγορά της πόλης μου''. Βασική αρχή του προγράμματος ήταν η αποφυγή της πιστής αναπαραγωγής έτοιμων γνώσεων και της χρήσης παραδοσιακών σχολικών εκπαιδευτικών μεθόδων, έτσι ώστε να αξιοποιηθεί γόνιμα το παιδευτικό περιβάλλον του αρχαιολογικού χώρου με τη χρήση μεθόδων που αποβλέπουν στην ενεργό συμμετοχή των μαθητών στη δόμηση γνώσεων, τη θέση ερωτημάτων και την καλλιέργεια δεξιοτήτων για άρθρωση ατομικού λόγου.
Ο εκπαιδευτικός φάκελος που έχει σχεδιαστεί περιλαμβάνει δύο έντυπα, ένα βιβλίο για τον δάσκαλο και ένα για τον μαθητή, καθώς και πλούσιο εποπτικό υλικό. Στο βιβλίο του εκπαιδευτικού δίνονται πληροφορίες που βοηθούν το δάσκαλο να εξοικειωθεί με τα κτίρια δημόσιου χαρακτήρα της αγοράς (Ωδείο-Βουλευτήριο, Νομισματοκοπείο, Αρχείο, Κρυπτή Στοά) καθώς και με τις διάφορες εκφάνσεις της οικονομικής και πολιτικής ζωής των ρωμαϊκών χρόνων. Παράλληλα, περιλαμβάνει οδηγίες και προτάσεις για την αξιοποίηση του υλικού και των δραστηριοτήτων στη σχολική τάξη και στον αρχ/κο χώρο. Στο βιβλίο του μαθητή μέσα από ένα εύληπτο αφηγηματικό κείμενο με πλούσια εικονογράφηση, τα παιδιά προσλαμβάνουν τις βασικές πληροφορίες του θέματος με ευχάριστο και ψυχαγωγικό τρόπο. Η συνολική εκπαιδευτική δράση του προγράμματος διαρθρώνεται σε τρεις φάσεις. Η πρώτη φάση περιλαμβάνει την προετοιμασία μέσα στη σχολική αίθουσα. Κατά τη δεύτερη φάση πραγματοποιείται περιήγηση στα δημόσια κτίρια, όπου εκτός από την παραδοσιακή μέθοδο της ιστορικής αφήγησης χρησιμοποιείται και η ''μαιευτική μέθοδος'' με στόχο την ενεργή συμμετοχή των παιδιών. Στο τέλος, οι μαθητές στο χώρο του ωδείου, αυτοσχεδιάζουν και μετατρέπονται σε ηθοποιούς και βουλευτές της ρωμαϊκής εποχής, αναπτύσσοντας την δημιουργικότητα και βελτιώνοντας την ικανότητά τους για επικοινωνία και έκφραση.