Από το 1997 έως το 2004 στον αρχαιολογικό χώρο Αρχαίας Αγοράς - Αρείου Πάγου πραγματοποιήθηκαν με αυτεπιστασία από την Α’ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων εργασίες ανάδειξης στο πλαίσιο του προγράμματος της Ενοποίησης των Αρχαιολογικών Χώρων της Αθήνας. Στόχος των έργων ήταν η εξυγίανση του ιστορικού τοπίου και η ανάδειξη της αρχαίας τοπογραφίας και των σημαντικών μνημείων της αρχαίας Αγοράς, ώστε αυτά να καταστούν αναγνωρίσιμα από τους πολυπληθείς επισκέπτες του χώρου.

Στον αρχαιολογικό χώρο της Αρχαίας Αγοράς-Αρείου Πάγου αποκαταστάθηκε και αναδείχθηκε ένα ευρύ δίκτυο διαδρομών βασισμένο στο αρχαίο οδικό δίκτυο: η αρχαία οδός των Παναθηναίων, η αποκαλούμενη "Δυτική οδός", που πλαισιωνόταν από δημόσια οικοδομήματα, η "Νότια οδός" και πλήθος δευτερευουσών οδεύσεων, όπως η διαδρομή μπροστά από το "Ανάκτορο των Γιγάντων", οι διαδρομές γύρω από το Ναό του Ηφαίστου κ.ά.
Εξυγιάνθηκαν και αναδείχθηκαν τα κυριότερα μνημεία του χώρου, με ειδικές επιστρώσεις, στερεώσεις και μετακινήσεις εκατοντάδων διάσπαρτων αρχιτεκτονικών μελών. Κατασκευάσθηκαν στέγαστρα για την προστασία ευπαθών αρχαίων καταλοίπων και συντηρήθηκαν αρχιτεκτονικά μέλη, επιγραφές, ψηφιδωτά και τοιχογραφίες. Επίσης, αναδείχθηκαν αρχαιολογικές ενότητες, απρόσιτες μέχρι σήμερα στο ευρύ κοινό: οι επονομαζόμενες "φιλοσοφικές σχολές", το Ελευσίνιο Ιερό στην πορεία της οδού των Παναθηναίων προς την Ακρόπολη, η λεγόμενη "περιοχή ανασκαφών Dörpfeld" στα ανατολικά της οδού Αποστόλου Παύλου, την οποία διασχίζει η οδός "Στενωπός Κολλυτός", καθώς και η περιοχή του ναού του Αγίου Διονυσίου Αρεοπαγίτου και του Μητροπολιτικού Καθιδρύματος.
Δημιουργήθηκαν σύγχρονες υποδομές για την εξυπηρέτηση των επισκεπτών: πλατώματα στάσης και θέασης των μνημείων, κλίμακες πρόσβασης και ξύλινες ράμπες για την εξυπηρέτηση ατόμων με ειδικές ανάγκες, κρήνες και καθιστικά, καλαίσθητες περισχοινίσεις.
Ιδιαίτερη βαρύτητα δόθηκε στην πληροφόρηση του κοινού. Τοποθετήθηκαν πινακίδες σήμανσης αρχαιολογικών ενοτήτων και μεμονωμένων μνημείων, ώστε να καταστεί αντιληπτή στον επισκέπτη η αρχική μορφή και η χρήση των μνημείων, καθώς και η αρχαία τοπογραφία.
Η εικόνα του αρχαιολογικού χώρου της Αρχαίας Αγοράς - Αρείου Πάγου έχει σήμερα αναβαθμισθεί λειτουργικά και αισθητικά, με αποτέλεσμα η περιήγηση να καθίσταται διδακτική, εποικοδομητική και ευχάριστη, ακόμα και σε περιοχές όπου μέχρι πρόσφατα ο επισκέπτης δεν είχε πρόσβαση.