Tο Τμήμα Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιολογικών Χώρων, Μνημείων, Αρχαιογνωστικής Έρευνας και Μουσείων χειρίζεται θέματα που αφορούν σε αρχαιολογικούς χώρους, μνημεία και ιστορικούς τόπους, που χρονολογούνται έως τον 4ο αι. μ.Χ. και είναι αρμόδιο για:
α) Την προστασία και τη διαχείριση αρχαιολογικών χώρων, μνημείων και ιστορικών τόπων, τον προγραμματισμό και τη διενέργεια ανασκαφών και οποιασδήποτε μορφής αρχαιολογικής έρευνας, τον προγραμματισμό και την εκτέλεση έργων σε συνέργεια με τα ανάλογα τμήματα της Διεύθυνσης Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, για την προστασία, συντήρηση, αναστήλωση, διαμόρφωση και ανάδειξη των αρχαιολογικών χώρων, μνημείων και ιστορικών τόπων, την προστασία του φυσικού τοπίου που τα περιβάλλει και την εξέταση αιτημάτων εκτέλεσης έργων που τα επηρεάζουν άμεσα ή έμμεσα σε συνεργασία με τις αρμόδιες υπηρεσίες της Γενικής Διεύθυνσης Αναστήλωσης, Μουσείων και Τεχνικών Έργων.
β) Την αρχαιολογική μελέτη και αξιολόγηση των τεχνικών έργων επί ή πλησίον αρχαιολογικών χώρων και μνημείων και των έργων συντήρησης επί μνημείων, αρχαίων αντικειμένων και έργων τέχνης και την επιστημονική μελέτη παντός θέματος σχετικού με τα παραπάνω αναφερόμενα. Την προώθηση απαλλοτριώσεων και την καταβολή αποζημιώσεων για τη στέρηση χρήσης ακίνητης περιουσίας για αρχαιολογικούς σκοπούς, τη συνεργασία με φορείς της Τοπικής Αυτοδιοίκησης και άλλους συμβαλλόμενους με σκοπό τη σύνταξη προγραμματικών συμβάσεων με αυτούς για την έρευνα, προστασία, αποκατάσταση και ανάδειξη αρχαιολογικών χώρων και μνημείων.
γ) Την εποπτεία των ερευνών των επιστημονικών, ερευνητικών και εκπαιδευτικών οργανισμών της ημεδαπής και των αλλοδαπών αρχαιολογικών σχολών και ινστιτούτων, που είναι εγκατεστημένες στην Ελλάδα.
δ) Την εποπτεία των υπαγομένων σε Εφορείες Αρχαιοτήτων Επιστημονικών Επιτροπών για τη μελέτη και εκτέλεση έργων.
ε) Την τήρηση αρχείου των ανασκαφών και άλλων αρχαιολογικών ερευνών, την καταγραφή και ηλεκτρονική καταχώριση κινητών και ακινήτων αρχαιολογικών ευρημάτων, την κατάρτιση αρχείου φωτογραφιών, σχεδίων, χαρτών, κηρύξεων και την συγκρότηση – ενημέρωση αρχείου κατόχων αρχαίων και αρχαιοπωλείων.
στ) Τη συμβολή στην πάταξη της αρχαιοκαπηλίας, την τήρηση και ενημέρωση αρχείου λαθρανασκαφών, κατασχέσεων και κλοπών πολιτιστικών αγαθών, καθώς και την προεργασία για τη χορήγηση άδειας χρήσης ανιχνευτών μετάλλου.
ζ) Την αρχαιολογική τεκμηρίωση, μελέτη και δημοσίευση των παλαιών ανασκαφών, την υλοποίηση ερευνητικών προγραμμάτων, την οργάνωση και λειτουργία της βιβλιοθήκης της Εφορείας. Την εν γένει προώθηση της εκδοτικής δραστηριότητας που αφορά σε μνημεία, αρχαιολογικούς χώρους, κινητά ευρήματα και συλλογές αρμοδιότητας της Εφορείας. Την ανάδειξη του αρχαιολογικού αποθέματος με πολυμεσικές εφαρμογές μέσω του διαδικτύου.
η) Τη διαχείριση των μουσείων και των συλλογών αρμοδιότητος της Εφορείας, την εκπόνηση και εφαρμογή μουσειολογικών μελετών, την έκθεση των αρχαιολογικών αντικειμένων. Τη χορήγηση άδειας μελέτης αρχαίων αντικειμένων εντός των μουσείων και των συλλογών, τη χορήγηση άδειας εξαγωγής μη προστατευομένων από τη νομοθεσία αντικειμένων, το σχεδιασμό, την οργάνωση και την παρουσίαση αρχαιολογικών, περιοδικών ή μονίμων, εκθέσεων, σε συνεργασία με τις αρμόδιες Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας.
θ) Το σχεδιασμό, την οργάνωση και την παρουσίαση αρχαιολογικών περιοδικών εκθέσεων, προγραμμάτων, δραστηριοτήτων και εκδηλώσεων σε ειδικούς χώρους, σε μουσεία, αρχαιολογικούς χώρους και σε σχολικούς χώρους, καθώς και τη χορήγηση αδειών ελευθέρας εισόδου στους αρχαιολογικούς χώρους και τα μουσεία. Τη συμμετοχή σε διεθνή και ευρωπαϊκά προγράμματα, τη διοργάνωση και τη συμμετοχή σε ημερίδες, συνέδρια, σεμινάρια και εκπαιδευτικές δράσεις για θέματα που αφορούν στις αρμοδιότητες του Τμήματος.
ι) Την ετήσια κατάρτιση του Προγράμματος Δράσης της Εφορείας και τη σύνταξη προτάσεων για την ένταξη νέων έργων σε συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα.