Κύριο έργο της Εφορείας είναι η επιστημονική έρευνα, η αποκάλυψη, η διατήρηση, η συντήρηση, η προστασία, η ανάδειξη, η προβολή και η φύλαξη των αρχαιοτήτων, που ανάγονται από την προϊστορική εποχή έως και το έτος 1830, καθώς και των νεώτερων θρησκευτικών μνημείων από το 1830 και εξής, η έκθεση τους σε Μουσεία, καθώς και η συμμετοχή τους σε εκθέσεις στην ημεδαπή και αλλοδαπή. Επιπλέον, η μελέτη, ο προγραμματισμός, η διαχείριση και η εκτέλεση οιουδήποτε αρχαιολογικού έργου συντήρησης, επισκευής, αποκατάστασης, αναστήλωσης, ανάδειξης και διαμόρφωσης των μνημείων και αρχαιολογικών χώρων, καθώς και του άμεσου φυσικού ή μη περιβάλλοντός τους, η εκτέλεση όλων των ανωτέρω έργων με αυτεπιστασία και απολογιστικά σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις.
Επίσης, η Εφορεία μεριμνά για την επιστημονική μελέτη και δημοσίευση των αρχαιοτήτων, τη διαχείριση των μνημείων, των αρχαιολογικών χώρων, των μουσείων και των συλλογών, χωρικής ευθύνης της, τα οποία ανήκουν στο Κράτος, τη συμμετοχή σε διεθνή και ευρωπαϊκά προγράμματα, τη διοργάνωση και τη συμμετοχή σε ημερίδες, συνέδρια, σεμινάρια και εκπαιδευτικές δράσεις για θέματα που αφορούν στις αρμοδιότητες της Εφορείας, καθώς και
για την παραγωγή συμβατικών και ψηφιακών εκδόσεων και εκπαιδευτικού υλικού. Επιπλέον, μεριμνά για την πρακτική άσκηση φοιτητών και σπουδαστών ΑΕΙ και ΤΕΙ στους χώρους αρμοδιότητάς της, εφόσον δεν προκύπτει δαπάνη που να βαρύνει το ΥΠ.ΠΟ.Α.
Δύναται, τέλος, να προβεί σε κάθε προβλεπόμενη από την κείμενη νομοθεσία ενέργεια, προκειμένου να υλοποιήσει τις δράσεις της.​