Το ιερό της Ίσιδος στην αρχαία πόλη της Ρόδου, γνωστό από φιλολογικές πηγές, των ρωμαϊκών χρόνων, εντοπίστηκε το 2007 κατά τη διάρκεια σωστικής ανασκαφής ιδιωτικού ακινήτου στην ευρύτερη περιοχή του εμπορικού λιμανιού της Ρόδου. Αν και σε μικρή απόσταση από την ανατολική ακτογραμμή, βρισκόταν εντός των τειχών, πλήρως ενταγμένο στο ιπποδάμειο ρυμοτομικό της σύστημα της πόλης. Από τα κτίρια που περιελάμβανε το τέμενος έχουν διασωθεί μόνο τα θεμέλια του ναϊκού οικοδομήματος, μια υπόγεια κρύπτη στον τύπο των αιγυπτιακών νειλομέτρων και ισχνά οικοδομικά κατάλοιπα σε επαφή με το σωζόμενο τμήμα της τάφρου θεμελίωσης που ανήκε στον ανατολικό περίβολο του ιερού.
Ο ναός της Ίσιδος εντοπίστηκε στο βόρειο τμήμα του τεμένους. Ήταν ορθογώνιο κτίριο διαστάσεων 11,30 x 18,50 μ., με προσανατολισμό Β-Ν. Το εσωτερικό του διαιρείται σε τρία συνεχόμενα διαμερίσματα, με το βορειότερο, τον σηκό, διπλάσιο σε έκταση από τα άλλα δύο, τα οποία αντιστοιχούν πιθανώς στον πρόναο και την πρόσταση. Η ακριβής αρχιτεκτονική του μορφή παραμένει δυστυχώς ασαφής, επειδή δεν διατηρήθηκε κανένα στοιχείο της ανωδομής του, όμως το πιο πιθανό είναι να ανήκει στον τύπο των πρόστυλων εν παραστάσι ναών με πρόσοψη στη νότια πλευρά του.
Η κρύπτη του ιερού βρίσκεται λίγο νοτιότερα του ναού, ευθυγραμμισμένη με την προέκταση του άξονα του δυτικού του τοίχου. Αποτελείται από μία στενή ευθύγραμμη κλίμακα με έντεκα σωζόμενες βαθμίδες, η οποία απολήγει στο βόρειο άκρο της σε ένα ελλειψοειδές πηγάδι. Στεγαζόταν με επίπεδη λίθινη οροφή που ακολουθούσε την καθοδική κλίση της κλίμακας περίπου 1,80 μ. ψηλότερα από τις βαθμίδες της. Τα βόρεια άκρα των τοιχωμάτων της κλίμακας διαμορφώνονται σε παραστάδες ημικυκλικής διατομής. Από το εσωτερικό της συλλέχθηκε σημαντικός αριθμός γλυπτών ελληνικής και αιγυπτιακής τεχνοτροπίας, ανάμεσά τους τα ακέφαλα αγαλμάτια των εξελληνισμένων αιγυπτιακών θεοτήτων Ίσιδος και Διός – Σαράπιδος, μια Νίκη, ένα ζεύγος σχεδόν πανομοιότυπων Σφιγγών, το κυβόσχημο άγαλμα ενός αιγύπτιου ναοφόρου, καθώς και ορισμένα άλλα αποσπασματικά αιγυπτιάζοντα ανδρικά και ιερακόμορφα αγάλματα, ορισμένα από τα οποία ίσως αναπαριστούσαν τον θεό Ώρο. Από τα γλυπτά αυτά, που απορρίφθηκαν στο εσωτερικό της κρύπτης μετά την εγκατάλειψη του ιερού, γίνεται φανερό πως η Ίσιδα, ο Σάραπις και ο Ώρος υπήρξαν σύνναες θεότητες στο Ισείο της Ρόδου, το οποίο παρουσίαζε έναν έντονο αιγυπτιακό χαρακτήρα τόσο στα επιμέρους αρχιτεκτονικά του στοιχεία όσο και στα αναθήματα των πιστών.