​To κτηριακό συγκρότημα του Ιερού Σπηλαίου της Αποκάλυψης, αντιπροσωπευτικό παράδειγμα προσθετικής αρχιτεκτονικής, αναπτύσσεται σε πέντε στάθμες, που περιλαμβάνουν τέσσερα κτηριακά σύνολα, με αλλεπάλληλες οικοδομικές φάσεις, από τον 12ο έως και τον 20ό αιώνα. Έως σήμερα λειτουργεί ως Κάθισμα της Ιεράς Μονής Αγίου Ιωάννου Θεολόγου στη Χώρα Πάτμου και αποτελεί έναν από τους σημαντικότερους προσκυνηματικούς, ιερούς χώρους του χριστιανισμού. Το έργο της αποκατάστασής του περιλήφθηκε αρχικά στο Β' Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης  (1999-2001), με τίτλο «Αποκατάσταση της Ιεράς Μονής Αποκάλυψης Πάτμου», έχοντας ως στόχο τη συντήρηση και ανάδειξη τμήματος του μνημείου. Οι εργασίες κτηριακής αποκατάστασης εστιάσθηκαν στο κτήριο Γ (επίπεδα 1 και 2), που παρουσίαζε τις σημαντικότερες φθορές, ενώ δημιουργήθηκαν νέοι χώροι υγιεινής των επισκεπτών στον άμεσο εξωτερικό περίβολο. Κατά τη διάρκεια του παραπάνω έργου εκτελέστηκαν μεν αρκετές εργασίες συντήρησης και επισκευής του συγκροτήματος, όμως η αναγκαιότητα της πλήρους αποκατάστασής του παρέμεινε ως βασικό ζητούμενο, μιας και το έργο δεν είχε την τύχη να ενταχθεί ως συνεχιζόμενο στο Γ΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης. Με την παρέλευση των επόμενων ετών, το μεγαλύτερο μέρος του συγκροτήματος έχρηζε πλέον πλήρους αποκατάστασης, τα αποκατεστημένα τμήματα έπρεπε να συντηρηθούν εκ νέου, ενώ η ανάγκη εκπλήρωσης λειτουργικών αναγκών του δεν είχε ικανοποιηθεί. Επιπροσθέτως, οι εργασίες διαμόρφωσης νέας εισόδου στον προσκυνηματικό τόπο του Σπηλαίου, ώστε να καταστεί προσβάσιμος στα ΑμεΑ, αν και είχαν ξεκινήσει, παρέμεναν ημιτελείς. Η ένταξη του έργου στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Κρήτης και Νοτίου Αιγαίου πρόσφερε την ευκαιρία να ολοκληρωθεί η αποκατάσταση του εμβληματικού προσκυνηματικού κέντρου, που υποδέχεται ετησίως χιλιάδες πιστών.

Το έργο της αποκατάστασης του κτηριακού συγκροτήματος της Ιεράς Αποκάλυψης περιλήφθηκε αρχικά στο Β' Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης  (1999-2001), με σκοπό τη συντήρηση και ανάδειξη τμήματος του μνημείου, ενώ τον Δεκέμβριο του 2010 εντάχθηκε στο Εθνικό Στρατηγικό Πλαίσιο Αναφοράς (Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Κρήτης και Νήσων Αιγαίου). Οι εργασίες ξεκίνησαν τον Ιούλιο του 2011, στοχεύοντας στην πλήρη δομική και κτηριολογική αποκατάσταση του συγκροτήματος, με την παράλληλη αναβάθμιση και την ανάδειξή του ως ενός σύγχρονου μοναστηριακού πνευματικού κέντρου. Κατά τη διάρκεια των εργασιών, καταγράφηκαν και αποτυπώθηκαν όλα τα νέα αρχιτεκτονικά στοιχεία, ενώ για την αρτιότερη εκτέλεση του έργου συντάχθηκαν εξειδικευμένες μελέτες τοπογραφικής αποτύπωσης του χώρου, ηλεκτρομηχανολογικών εγκαταστάσεων για το σύνολο του κτηριακού συγκροτήματος και ειδική στατική μελέτη για την επίλυση επιμέρους προβλημάτων που προέκυψαν κατά την πορεία του.
Στο πλαίσιο εκτέλεσης του έργου, πραγματοποιήθηκαν επεμβάσεις δομικής αποκατάστασης: πλήρωση αποδιοργανωμένων τοιχοποιιών με ενέματα και ανακατασκευή όπου απαιτείτο, αποκατάσταση των αποσαθρωμένων κονιαμάτων δομής με καθαρισμό, αρμολόγημα και χρήση ενεμάτων για προβλήματα σε μεγαλύτερο βάθος, γεφύρωση ρωγμών με λίθινα επιμήκη στοιχεία και τοποθέτηση λίθινων κλειδιών στις ασύνδετες τοιχοποιίες, διάνοιξη ανοιγμάτων που δεν διαταράσσουν την τοιχοποιία και διεύρυνση ανοιγμάτων που δεν πληρούν τις προϋποθέσεις της νέας χρήσης, σύμφωνα με εγκεκριμένη στατική μελέτη, ανακατασκευή των οριζόντιων φορέων και αντικατάσταση ορισμένων δωμάτων, τοποθέτηση νέων ξύλινων μεσοπατωμάτων με την επανάχρηση κατά το δυνατόν της παλαιάς ξυλείας.
Οι επεμβάσεις οικοδομικής αποκατάστασης περιέλαβαν την ανακατασκευή επιχρισμάτων με νέα κονιάματα, η σύνθεση των οποίων είναι συμβατή με τα υλικά της υφιστάμενη τοιχοποιίας, τη συντήρηση των κουφωμάτων ή αντικατάστασή τους όπου χρειαζόταν, τη συντήρηση των δαπέδων ή αντικατάστασή τους όπου χρειαζόταν και τον χρωματισμό του κτηρίου και των κουφωμάτων. Για την προσαρμογή του κτηρίου στη νέα λειτουργία του ολοκληρώθηκε η εγκατάσταση και ο επαναπροσδιορισμός των ηλεκτρομηχανολογικών δικτύων, του δικτύου ύδρευσης και αποχέτευσης, η κατασκευή κλιμακωτής οδού πρόσβασης των ΑμεΑ, με ήπιες κλίσεις και αναβαθμίδες και την παράλληλη ενσωμάτωση υδατοδεξαμενών στα κεκλιμένα επίπεδα.
 Τέλος, πραγματοποιήθηκε η κτηριακή αποκατάσταση των παρεκκλησίων του Αγίου Αρτεμίου και του Αγίου Νικολάου και ολοκληρώθηκε η συντήρηση και αισθητική αποκατάσταση του ζωγραφικού διακόσμου του Αγίου Νικόλαου. Έγινε αποκάλυψη της ζωγραφικής στις περιοχές οι οποίες ήταν καλυμμένες με επιχρίσματα ασβέστη, αφαίρεση των νεώτερων τσιμεντιτικών κονιαμάτων και εφαρμογή νέων ασβεστοκονιαμάτων τόσο στους αρμούς της τοιχοποιίας, όσο και σε όλη την περίμετρο των σωζόμενων τοιχογραφιών για την ασφαλή συγκράτησή της, αφαίρεση των επικαλύψεων των ελαιοχρωμάτων και στερέωση κονιαμάτων ζωγραφική επιφάνεια, καθαρισμός της ζωγραφικής από όλες τις επικαθίσεις αιθάλης, κεριών και αλάτων και αισθητική αποκατάσταση των τοιχογραφιών.Υλοποιήθηκε στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2007-2013 (Επιχειρησιακό πρόγραμμα Κρήτης και νήσων Αιγαίου)​