Λόγω προβλημάτων στατικότητας του εξωτερικού περιβόλου, αρχικά με χρηματοδότηση του Υπουργείου Αιγαίου και κατόπιν του Υπουργείου Πολιτισμού, πραγματοποιήθηκε η τοπογραφική και αρχιτεκτονική αποτύπωση του μνημείου (2000), και εκπονήθηκε μελέτη αποκατάστασης των φθορών. Στη νοτιοδυτική γωνία του εξωτερικού περιβόλου είχαν προκληθεί σημαντικές ρωγμές και συστροφή τμημάτων των λιθοπλίνθων. Το 2003 αποχωματώθηκε η εσωτερική παρειά της νοτιοδυτικής γωνίας του τείχους, η οποία σώζεται σε ύψος 4,5 μ. με πάχος 1,35 μ. περίπου. Η εξωτερική τοιχοποιϊα αποτελείται από αρχαίες λιθοπλίνθους επαναχρησιμοποιημένες, με εμφανή κεραμικά βύσματα (τσιβίκια) ως υλικό πλήρωσης των αρμών και κονίαμα (σκλίβωμα) ως συνδετικό υλικό.       
Με χρηματοδότηση του Επιχειρησιακού Προγράμματος Κρήτης και νήσων Αιγαίου 2007-2013, αποκαταστάθηκε η νοτιοδυτική γωνία του εξωτερικού τείχους, με αποσυναρμολόγηση 11 δόμων της γωνίας και αφαίρεση της εσωτερικής παρειάς. Οι δόμοι επανατοποθετήθηκαν με ώθηση των όμορων τμημάτων του τείχους, που δεν μετακινήθηκαν και τοποθετήθηκε σύστημα αποστράγγισης των ομβρίων. Για την ενίσχυση της ακαμψίας τοποθετήθηκαν στη γωνία μεταλλικές ενισχύσεις.
Επίσης εκπονήθηκε μελέτη ανάδειξης του Παλαιοκάστρου και διαμορφώθηκαν δύο κύριες λιθόστρωτες διαδρομές για τους επισκέπτες στο εσωτερικό. Διαμορφώθηκε η είσοδος στην νοτιοανατολική γωνία του εξωτερικού περιβόλου, όπου κατά την αποχωμάτωση αποκαλύφθηκε τμήμα του αρχαίου τείχους στην αρχική του θέση. Προκειμένου να παραμείνει ορατό, το αρχικό επίπεδο ταπεινώθηκε και τοποθετήθηκε μεταλλική σκάλα ανόδου για τους επισκέπτες. Τοποθετήθηκαν ενημερωτικές πινακίδες από επισμαλτωμένη ηφαιστειογενή πέτρα (πυρολάβα), και περισχοίνιση σε επικίνδυνα σημεία. Εξωτερικά του οχυρωματικού περιβόλου διαμορφώθηκαν δύο λιθόστρωτες σκάλες ανόδου στην κλιτύ του λόφου και τοποθετήθηκε σταθερή περίφραξη στην ανατολική πλαγιά για την προστασία του αρχαιολογικού χώρου από τα βοοειδή.

 Υλοποιήθηκε στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2007-2013 (Επιχειρησιακό πρόγραμμα Κρήτης και νήσων Αιγαίου)​