​Οι λόγοι για τις αναστηλωτικές επεμβάσεις και τις λοιπές εργασίες διαμόρφωσης που πραγματοποιήθηκαν στο πλαίσιο του έργου ΕΣΠΑ ήταν οι εξής: α) Οι φθορές των αναστηλώσεων της ιταλοκρατίας (1925 έως 1943), που είχαν ως αποτέλεσμα συνεχείς κατακρημνίσεις, κυρίως στους τοίχους και στα αναστηλωμένα περιστύλια των αρχαίων οικιών, β) η έντονη διάβρωση από τα όμβρια, τόσο των αρχαίων κτισμάτων, όσο και του εδάφους εντός του αρχαιολογικού χώρου, που επιδεινώθηκε μετά από πυρκαγιά που σημειώθηκε στο χώρο στις 4 Δεκεμβρίου του 2008, και γ) οι ελλιπέστατοι χώροι εξυπηρέτησης κοινού.

Όσον αφορά τους χώρους εξυπηρέτησης κοινού, επιγραμματικά αναφέρεται ότι οικοδομήθηκαν νέα W.C., γραφεία και αναψυκτήριο και διαμορφώθηκε η είσοδος.
Σε ό,τι αφορά τις αναστηλωτικές επεμβάσεις και διαμορφώσεις γενικότερα έγιναν τα εξής:
-Διαμορφώθηκαν περιηγητικές διαδρομές, που διευκολύνουν τη διακίνηση των πολυάριθμων επισκεπτών και επιτρέπουν την περιμετρική θέαση των αρχαιοτήτων, και αρχαιολογικές διαδρομές εντός του αρχαιολογικού χώρου, που οδηγούν τον επισκέπτη σε όλα τα σημεία ενδιαφέροντος. Οι περιμετρικές διαδρομές, επειδή στην πορεία τους δεν υπάρχουν αρχαιότητες, επιστρώθηκαν με μείγμα σκυροδέματος με πρόσμιξη ώχρας, ώστε να προσομοιάζουν κατά το δυνατό με το φυσικό έδαφος. Στην πορεία τους κτίστηκαν καθιστικά. Οι αρχαιολογικές διαδρομές επιστρώθηκαν στον μεν χώρο της αγοράς και στο βορειότερο τμήμα της κεντρικής αρχαίας οδού με χώμα και χαλίκι, στο δε νοτιότερο τμήμα της κεντρικής οδού και στον χώρο της ακρόπολης με ασπρόπηλο, το φυσικό έδαφος της περιοχής. Η διαμόρφωση των αρχαιολογικών διαδρομών περιελάμβανε επίσης ανάταξη της κλίμακας στο νοτιότερο τμήμα της κεντρικής οδού, η οποία είχε έντονα διαβρωθεί από τα όμβρια, δημιουργώντας κινδύνους στην κίνηση των επισκεπτών. Οι λίθοι των βαθμίδων είτε επαναχρησιμοποιήθηκαν, μετά από αντιστροφή τους, ή αντικαταστάθηκαν με νέους. Η κλίμακα, όπως διαπιστώθηκε από φωτογραφίες του ιταλικού φωτογραφικού αρχείου, αλλά και δοκιμαστικές τομές, είχε κατασκευαστεί κατά την διάρκεια των ιταλικών αναστηλώσεων. Οι παραπάνω εργασίες έγιναν με βάση την μελέτη «Διαχείριση Πολιτισμικού τοπίου του αρχαιολογικού χώρου Καμίρου» που εκπονήθηκε από την αρχιτεκτόνισσα που είχε προσληφθεί για το έργο.
- Για την απορροή των ομβρίων ανατέθηκε σύνταξη μελέτης σε εξειδικευμένη εταιρεία. Σύμφωνα με την μελέτη, για την απορροή από την ευρύτερη λεκάνη του χώρου κατασκευάστηκαν στις πλαγιές ανατολικά και δυτικά του ανεσκαμμένου τμήματος της αρχαίας πόλης τάφροι από οπλισμένο σκυρόδεμα, οι οποίοι διοχετεύουν τα νερά εκτός του χώρου. Για την απορροή των ομβρίων από το εσωτερικό του ανασκαμμένου χώρου τοποθετήθηκαν υπογείως στην κεντρική αρχαία οδό και στις κάθετες προς αυτήν οδούς πλαστικοί σωλήνες και διανοίχθηκαν φρεάτια. Τα νερά διοχετεύονται σε υπόγειο αγωγό που είχαν κατασκευάσει οι Ιταλοί στο βορειότερο τμήμα της κεντρικής οδού και μέσω αυτού οδηγούνται σε φυσικό ρέμα βόρεια του χώρου. Στις περιμετρικές διαδρομές κατασκευάστηκαν κουνέτες ή δόθηκε κατάλληλη κλίση, ώστε τα νερά να καταλήγουν εκτός της λεκάνης του χώρου.

-Σε συμπλήρωση της μελέτης απορροής ομβρίων συντάχθηκε μελέτη αποκατάστασης του διαβρωμένου εδάφους στο νοτιότερο τμήμα της κεντρικής οδού και στην ακρόπολη, στον ελεύθερο χώρο αμἐσως βόρεια του ιερού της Αθηνάς. Η επίστρωση έγινε με χώμα που συμπιεζόταν με οδοστρωτήρα και παράλληλα διαβρεχόταν, ενώ η τελική στρώση ήταν ασπρόπηλος, το φυσικό χώμα της περιοχής. Για την συγκράτηση των επιστρώσεων τοποθετήθηκαν κορμοδέματα. Στο ελεύθερο χώρο εμπρός (βόρεια) από το ιερό της Αθηνάς κατασκευάστηκε ανοιχτή τάφρος απορροής των ομβρίων, η οποία καλύφθηκε εσωτερικά με επίπαση μείγματος από χώμα και μικρή περιεκτικότητα σε τσιμέντο, έτσι ώστε οπτικά να προσομοιάζει με το φυσικό έδαφος. Αποκατάσταση της διάβρωσης έγινε και σε δύο δευτερεύουσες οδούς, κάθετους προς την κεντρική, μετά την τοποθέτηση των υπόγειων πλαστικών σωλήνων. Συγκεκριμένα, μεταφέρθηκε και επιστρώθηκε χώμα, προκειμένου να αποκατασταθεί το επίπεδο του αρχαίου οδοστρώματος, ενώ η τελική, επιφανειακή, επίστρωση, έγινε με υδατοστεγή στρώση ειδικής σύστασης, που υποδείχτηκε από την Εταιρεία που συνέταξε τη μελέτη απορροής ομβρίων.
-Στις αρχαίες οικίες έγιναν αρμολογήματα και στηρίξεις ετοιμόρροπων τοίχων ή τοίχων που είχαν ήδη κατακρημνιστεί. Οι περισσότεροι τοίχοι είχαν συμπληρωθεί από τους Ιταλούς, χωρίς να είναι σήμερα δυνατή η διάκριση των αρχαίων τοίχων από τις νεώτερες συμπληρώσεις. Η παθολογία των τοίχων είχε καταγραφεί σε μελέτη ωρίμανσης, που συντάχθηκε πριν την έναρξη του έργου. 
-Στο εσωτερικό των οικιών επιστρώθηκε "δάπεδο" ειδικής σύστασης για να μειωθεί η αυτοφυής βλάστηση, που απαιτούσε συνεχείς καθαρισμούς. Ωστόσο, δεν έγινε δυνατή η επίστρωση σε όλες τις οικίες, καθώς η έκταση του χώρου ήταν μεγάλη και η δαπάνη δεν μπορούσε να καλυφθεί από τ​ον προϋπολογισμό του έργου. Με την επίστρωση, όπου αυτό δεν είχε ήδη γίνει από τους Ιταλούς, έγινε αποκατάσταση του επιπέδου των αρχαίων δαπέδων.
-Συντηρήθηκε το υδραυλικό κονίαμα στα εσωτερικά τοιχώματα αρχαϊκής δεξαμενής (6ου αι. π.Χ.) στην ακρόπολη. Η σύσταση του κονιάματος θεωρείται σημαντικό επίτευγμα της αρχαίας τεχνολογίας, καθώς σύμφωνα με μελέτες ειδικών είναι εφάμιλλη σε ανθεκτικότητα με το σημερινό μπετόν. Συντηρήσεις έγιναν επίσης σε περιορισμένη έκταση και σε επιχρίσματα οικιών.

-Από την αρχιτεκτόνισσα του έργου συντάχθηκε μελέτη αποκατάστασης των αναστηλωμένων περιστυλίων δύο αρχαίων οικιών. Η μελέτη δεν έγινε ωστόσο δυνατόν να υλοποιηθεί, επειδή δεν επαρκούσε ο προϋπολογισμός του έργου, αλλά και επειδή η μεθοδολογία των ιταλικών αναστηλώσεων (χρήση ετερόκλητων σφονδύλων και κιονοκράνων, μικρό ποσοστό αρχαίων μελών μετά την θραύση όσων είχαν χρησιμοποιηθεί κ.λ.π.), δημιούργησε προβληματισμούς σχετικά με την σκοπιμότητα αποκατάστασης των ιταλικών αναστηλώσεων.
-Από την αρχιτεκτόνισσα στου έργου έγιναν επίσης επιμέρους αποτυπώσεις, όπως της αρχαϊκής δεξαμενής στην ακρόπολη, συγκροτήματος θερμών και άλλων αρχαίων κτισμάτων σε διάφορα σημεία του χώρου κ.ά.