​Στο πλαίσιο του Ε.Π. «ΘΕΣΣΑΛΙΑ - ΣΤΕΡΕΑ ΕΛΛΑΔΑ - ΗΠΕΙΡΟΣ 2007-2013», πραγματοποιήθηκαν εργασίες στο
καθολικό, στους υπόγειους χώρους της δυτικής πτέρυγας, στον περίβολο και στο οστεοφυλάκιο. Η μελέτη αποκατάστασης συντάχθηκε από τον αρχιτέκτονα Σωτήρη Βογιατζή με μέριμνα του πολύδραστου π. Αλεξίου Παπασταμούλου, εφημέριου του Ι. Ν. Κοιμήσεως Θεοτόκου στη Γλώσσα.
Στο καθολικό κατασκευάστηκε αποστραγγιστική τάφρος, καθαιρέθηκαν τα τσιμεντεπιχρίσματα, εξυγιάνθηκαν πλήρως
οι λιθοδομές, εφαρμόστηκαν αρμολογήματα και τριπτά επιχρίσματα. Αποξηλώθηκε η επικάλυψη της στέγης, οι θόλοι εξυγιάνθηκαν και στεγανοποιήθηκαν με κατάλληλα υλικά και τοποθετήθηκαν νέες σχιστόπλακες.
Στερεώθηκε, αρμολογήθηκε και συμπληρώθηκε, όπου ήταν απαραίτητο, ο περίβολος της μονής, ενώ για την περαιτέρω ενίσχυση της στατικής επάρκειας της νότιας και ανατολικής πλευράς εφαρμόστηκαν ενέματα. Στο οστεοφυλάκιο εξυγιάνθηκαν και αρμολογήθηκαν οι περιμετρικοί τοίχοι και το φουρνικό που το καλύπτει.
Κατά την καθαίρεση των νεωτερικών επιχρισμάτων στο εσωτερικό του ναού αποκαλύφθηκαν στα ανώτερα μέρη
των τοίχων και στον τρούλο τα αυθεντικά επιχρίσματα, τα οποία συντηρήθηκαν από το συνεργείο του ιδιώτη
συντηρητή αρχαιοτήτων και έργων τέχνης Α. Μπέκου.
Το νεωτερικού τέμπλο του καθολικού αντικαταστάθηκε από νέο, σύμφωνα με μελέτη που εκπονήθηκε από τον πολιτικό μηχανικό Μ. Χατζηγιάννη. Στο νέο τέμπλο προσαρμόστηκαν τα ξυλόγλυπτα βημόθυρα της Ωραίας Πύλης
του αρχικού τέμπλου του ναού, αφού προηγουμένως συντηρήθηκαν στα εργαστήρια της Εφορείας Αρχαιοτήτων
Μαγνησίας από τις συντηρήτριες Χ. Τόπα και Μ. Μαργαριτώφ.
Στους υπόγειους χώρους της δυτικής πτέρυγας των κελιών οι εργασίες περιελάμβαναν εξυγίανση των λιθοδομών,
συμπληρώσεις, τοπικές ανακτίσεις και εφαρμογή αρμολογημάτων. Οι φθαρμένες ξυλοδεσιές αντικαταστάθηκαν, τα
χωμάτινα δάπεδα επιστρώθηκαν με σχιστολιθικές πλάκες και τοποθετήθηκαν ξύλινα θυρόφυλλα.