Κατά τη διάρκεια του έργου εξασφαλίστηκε η στατική επάρκεια του κτιρίου, ανακατασκευάστηκε η στέγη, αφού προηγήθηκε η αποξήλωση της παλαιότερης και αποκαταστάθηκαν τα αετώματα των στενών όψεων, ώστε να αποκατασταθεί ο αρχικός όγκος του μνημείου. Κατόπιν, καθαρίστηκαν οι αρμοί, αρμολογήθηκε η εξωτερική τοιχοποιία του ναού και κατασκευάστηκαν νέα επιχρίσματα στο εσωτερικό του ναού, όπου απαιτούνταν.
Παράλληλα πραγματοποιήθηκε καθαρισμός του λιθανάγλυφου διάκοσμου και συντηρήθηκαν το λίθινο δάπεδο του ναού και η εξωτερική λίθινη κλίμακα του γυναικωνίτη.
Συντηρήθηκαν, επίσης, τα ξύλινα στοιχεία του μνημείου, δηλαδή οι παλαιοί ξύλινοι ελκυστήρες του, οι θύρες του, κάποια από τα παλαιά παράθυρα, η ξύλινη κλίμακα και το δάπεδο του γυναικωνίτη.
Κατασκευάστηκαν και τοποθετήθηκαν νέα ξύλινα παράθυρα, όπου τα παλαιά δεν μπορούσαν να διατηρηθούν, η βόρεια θύρα, τα στασίδια, ξύλινα στηθαία στο γυναικωνίτη και στη βόρεια εξωτερική κλίμακα και τοποθετήθηκε ξύλινος καθιστικός πάγκος κατά μήκος της νότια και της δυτικής στοάς.
Στο ιερό συντηρήθηκε και αποκαταστάθηκε το ξυλόγλυπτο τέμπλο, αφού αρχικά απομακρύνθηκε το νεωτερικό ανώτερο τμήμα του και κατασκευάστηκε νέο, κατά τα πρότυπα αντιστοίχων και συγχρόνων τέμπλων της ευρύτερης περιοχής.
Τέλος, συντηρήθηκε η τοιχογραφία του Προδρόμου στο βόρειο τοίχο του ναού.