Κατά το 1997 συντηρήθηκε η τοιχοποιία της δυτικής πλευράς του μνημείου. Το 1998 κατασκευάστηκε μεγάλη σκαλωσιά εσωτερικά και εξωτερικά του μνημείου ( με τέτοιο τρόπο, ώστε να μην επιβαρύνεται στο ελάχιστο η τοιχοποιία του) και πραγματοποιήθηκε μερική συντήρηση του τυμπάνου του τρούλλου. Κατά το 1999 ολοκληρώθηκε η συντήρηση της τοιχοποιίας του τυμπάνου του τρούλλου και αλλάχθηκαν τα μολυβδόφυλλα στο ημισφαίριο του τρούλλου. Τα καινούργια μιολυβδόφυλλα τοποθετήθηκαν πάνω σε στρώμα λάσπης από αργιλόχωμα, ώστε να επιτευχθεί η όσο το δυνατόν πιο σφαιρική μορφή του ημισφαιρίου.
Οι εργασίες επίσης περιελάμβαναν καθαρισμό του μνημείου από νεώτερα και σαθρά κονιάματα και συντήρηση της τοιχοποιίας, με έμφαση στην διατήρηση των αρχικών (βυζαντινών) ή μεταγενεστέρων (οθωμανικών ) φάσεων.
Παράλληλα με τις εργασίες συντήρσης πραγματοποιήθηκε μελέτη παρακολούθυησης και υπολογισμού των μικρομετακινήσεων με σύρματα INVAR

Οι επεμβάσεις ήταν ευεργετικές για το μνημείο, εφόσον ελαχιστοποιήθηκε η πιθανότητα εισχώρησης νερού στο εσωτερικό της τοιχοποιίας. Συγχρόνως δε αναδεικνύεται και προβάλλεται το πιο σημαντικό μνημείο της Θράκης.
Με την παρακολούθηση των μικρομετακινήσεων θα εξακριβωθεί η στατική συμπεριφορά του μνημείου

Χρηματοδότης: Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας-Θράκης (Επιχορήγηση Αρχαιολογικής Εταιρείας)​

​