Στην ΚΣΤ΄ Εφορεία Προϊστορικών & Κλασικών Αρχαιοτήτων λειτουργεί Τμήμα Συντήρησης το οποίο είναι υπεύθυνο για τη συντήρηση αρχαιολογικών αντικειμένων. Στο τμήμα απασχολούνται Συντηρητές ΤΕ, ΔΕ και Τεχνικοί Συντήρησης.
Για τα κινητά αντικείμενα που προέρχονται από τους χώρους ευθύνης της, η Εφορεία διαθέτει εργαστήρια συντήρησης που βρίσκονται:
1) Στο Αρχαιολογικό Μουσείο Πειραιά
2) Στον αποθηκευτικό χώρο του Ελληνικού
3) Στο Αρχαιολογικό Μουσείο Σαλαμίνας

Το προσωπικό που τα στελεχώνει είναι σε θέση να πραγματοποιεί εργασίες συντήρησης σε αντικείμενα από κεραμικό, μέταλλο, λίθο κ.ά. που εισρέουν στα εργαστήρια από ανασκαφικές έρευνες (σωστικές ή μη), είναι μουσειακά εκθέματα ή τμήματα μνημείων.
Οι συντηρητές της Εφορείας είναι επίσης υπεύθυνοι για την εκτέλεση εργασιών συντήρησης (στερεώσεις επιφάνειας, καθαρισμοί, συμπληρώσεις, κ.ά.) και στα κατά τόπους μνημεία που ελέγχει η Εφορεία, όταν δεν πρόκειται για εργασίες αναστήλωσης.
Η Εφορεία έχει επίσης συνδράμει κατά το πρόσφατο παρελθόν έκτακτες ανάγκες άλλων υπηρεσιών του ΥΠΠΟΤ παρέχοντας αθρώπινο δυναμικό ή/και πρόσβαση στην υλικοτεχνική υποδομή των χώρων συντήρησης.

Στο εργαστήριο συντήρησης του Αρχαιολογικού Μουσείου Πειραιά, συντηρήθηκαν κατά το έτος 2009 κεραμικά αντικείμενα προερχόμενα από ανασκαφές στις περιοχές των δήμων Πειραιά, Ταύρου, Καλλιθέας, Μοσχάτου, Καμινίων, Ν. Φαλήρου, Αγ. Ι. Ρέντη, Σαλαμίνας, Βούλας, Βάρης, Γλυφάδας, Κυθήρων, Αντικυθήρων, Αίγινας. Επίσης, αντικείμενα προερχόμενα από το Μουσείο Μαραθώνα καθώς και από το Νέο Μουσείο Ακροπόλεως. Τέλος, κεραμικά αντικείμενα από τις ανασκαφές που διενεργούνται στις περιοχές που εκτελούνται έργα του ΟΣΕ εντός της περιοχής αρμοδιότητας της ΚΣΤ΄ΕΠΚΑ (Σταθμός Αγ. Διονυσίου Πειραιά, ανασκαφή Αγ. Ι. Ρέντη, ανασκαφή Ταύρου).
Ενδεικτικά, τα είδη των αντικειμένων που συνηρήθηκαν περιλαμβάνουν:
Αμφορείς, ληκύθους, ασκούς, θήλαστρα, κύπελλα, κύλικες, αλάβαστρα, ειδώλια, αγνύθες, σκύφους, λυχνάρια, πινάκια, πυξίδες, αρύβαλλους, οινοχόες, πυξίδες, χύτρες, λάρνακες, πίθους, αγγεία εγχυτρισμού κ.ά.