Το έργο της συντήρησης της παλαιοχριστιανικής βασιλικής στην Παληόχωρα Μαρωνείας περιλάμβανε τη συντήρηση του ψηφιδωτού δαπέδου του ολοκληρωμένου ανασκαφικά αιθρίου της, των 700 ομάδων της κεραμεικής με συγκόλληση και συμπλήρωση των κυριοτέρων αγγείων, καθώς και τον καθαρισμό νομισμάτων, μολυβδοβούλλων και μικροαντικειμένων. Το έργο της συντήρησης συντελέστηκε κατά χώραν, στο εργαστήριο-αποθήκη της 12ης ΕΒΑ στην Κομοτηνή και στα εργαστήρια και τις αποθήκες στην έδρα της Εφορείας στην Καβάλα. Εκτελέσθηκε από τρεις συντηρητές, υπαλλήλους της 12ης ΕΒΑ και έκτακτο προσωπικό.
Η συντήρηση των ψηφιδωτών δαπέδων του αιθρίου της παλαιοχριστιανικής βασιλικής περιλάμβανε 1. τοπογραφική, σχεδιαστική και φωτογραφική τεκμηρίωση των υπερκείμενων στο ψηφιδωτό λασπόκτιστων χαμηλών μεσοβυζαντινών τοίχων, 2. απομάκρυνση των τοίχων αυτών κατόπιν σχετικής εγκριτικής αποφάσεως του ΥΠΠΟ, 3. επιφανειακό καθαρισμό του ψηφιδωτού με φυσικές μεθόδους, 4. σχεδιαστική και φωτογραφική αποτύπωση του ψηφιδωτού 5. καθορισμό υψομέτρων και μελέτη των κλίσεων του ψηφιδωτού, 6. αποκόλληση, στην οποία χρησιμοποιήθηκαν τουλπάνι, δίμιτο, κόλλα από μέλι, ξύδι και ψαρόκολλα , 7. ανασκαφική έρευνα της υποδομής του ψηφιδωτού για εντοπισμό αρχαιοτέρων φάσεων, 8. στερέωση τοίχων και υποθεμελιώσεων και κατασκευή υποδομής από επιλεγμένες πέτρες, ελαφρόπετρα, ασβέστη, κουρασάνι και άσπρο σκυρόδεμα, 8. χοντρό καθαρισμός του ψηφιδωτού από τα τμήματα της υποδομής που αποκολλήθηκαν μαζί του και ψιλό καθαρισμό των αρμών των ψηφίδων στο εργαστήριο με σουβλιά και φυσητήρες, 9. τοποθέτηση ψηφιδωτού σε δεύτερο στρώμα υποδομής κατασκευασμένο από τα παραπάνω υλικά κοσκινισμένα, 10. αφαίρεση πανιών με νερό, συμπλήρωση ψηφίδων, στέγνωμα, 11. τελικός καθαρισμός με νερό , ξύδι και χορτόβουρτσα.
Αποτέλεσμα των εργασιών συντήρησης ήταν η ανάδειξη του ψηφιδωτού δαπέδου, η αύξηση της επισκεψιμότητας του χώρου, η εκπροσώπηση της θέσης με αξιόλογα ευρήματα σε διεθνείς εκθέσεις και συμπόσια.
Με την περάτωση του έργου της συντήρησης του αιθρίου, έκτασης 200τ.μ., και τον καθαρισμό των βυζαντινών τειχών της Μαρώνειας, μήκους 2000μ., από την βλάστηση, επιτεύχθηκε το 2001 η αερφωτογράφηση του αρχαιολογικού χώρου της Παληόχωρας και της βυζαντινής πόλης της Μαρώνειας.
