Η συντήρηση των λίθινων επιγραφών εφαρμόζεται στο εργαστήριο συντήρησης του Επιγραφικού Μουσείου από έμπειρους συντηρητές, υπό την επίβλεψη του μουσειακού γλύπτη Στέργιου Τζανέκα.
Η συλλογή των επιγραφών αποτελείται από αρχαία που βρίσκονται σε εξωτερικούς ανοιχτούς χώρους και σε εσωτερικούς-κλειστούς χώρους. Αυτό σημαίνει ότι συσσωρεύονται διαφορετικά προβλήματα διάβρωσης του λίθου, που πρέπει να αντιμετωπιστούν. Οι επεμβάσεις που γίνονται έχουν ως στόχο τον εντοπισμό της μηχανικής, φυσικής, χημικής και βιολογικής διάβρωσης του λίθου. Οι εργασίες διεξάγονται με τους ακόλουθους τρόπους: μηχανικοί καθαρισμοί (με ειδικά ξέστρα, με ατμό, με υπερήχους), χημικές μέθοδοι (κυρίως με σηπιόλιθο) και αντικατάσταση οξειδωμένων σιδερένιων συνδέσμων, που με τη διόγκωσή τους προκαλούν ρηγμάτωση του λίθου. Επίσης αποκαθίστανται διαβρωμένα τσιμεντένια συμπληρώματα και βάσεις για την καλύτερη στήριξη και συνοχή των ενεπίγραφων θραυσμάτων.
Κατά τη συντήρηση των διαπιστώθηκε ότι η πιο αποτελεσματική και ελεγχόμενη μέθοδος επέμβασης εξακολουθεί να είναι ο μηχανικός τρόπος καθαρισμού (με την προϋπόθεση ότι ο συντηρητής που αναλαμβάνει το έργο να είναι έμπειρος). Kάθε χρόνο το εργαστ¦ριο συντήρησης του Eπιγραφικού Mουσείου συντηρεί σημαντικό αριθμό λίθων. Για τη στήριξη της διαβρωμένης επιφάνειας χρησιμοποιούνται ακρυλικές ρητίνες, υλικά σταθεροποίησης και εμποτισμού της επιφάνειας του λίθου. Οι επικαθήσεις και οι μαύρες κρούστες που σχετίχονται με την ατμοσφαιρική ρύπανση αφαιρούνται με απορροφητική άργιλο, ουδέτερο σαπούνι καθαρισμού και με κομπρέσες χαρτοπολτού. Οι οξειδωμένοι σύνδεσμοι αντικαθίστανται με συνδέσμους τιτανίου. Με ιδιαίτερη προσοχή επιλέγονται τα υλικά για τη συμπλήρωση ρωγμών και κενών μεταξύ δύο συγκολλημένων κομματιών λίθου.
Όλες οι εργασίες συντήρησης πραγματοποιούνται με βάση την αρχή ότι η διατήρηση, η διάσωση και η προστασία της ενεπίγραφης επιφάνειας δεν σχετίζεται μόνο με την εύκολη ανάγνωση του κειμένου αλλά και με την συγκράτηση όλων των πληροφοριών στην επιφάνεια του φορέα, που συμβάλλουν στην περαιτέρω μελέτη της ίδιας της επιγραφής, όπως ίχνη χρωμάτων και ίχνη εργαλείων κατασκευής του αντικειμένου.