Η έπαυλη Μοn Repos παραχωρήθηκε για πενήντα χρόνια στο Υπουργείο Πολιτισμού από το Δήμο Κερκυραίων το 1995, προκειμένου να στεγaστεί το μουσείο του αρχαιολογικού χώρου της Παλαιόπολης. Μετά την ολοκλήρωση των εργασιών αποκατάστασης του κτηρίου από τη Διεύθυνση Εκτέλεσης Έργων Μουσειών το 1999, το κτήριο παραδόθηκε στην Η΄ ΕΠΚΑ ώστε να υλοποιηθεί η έκθεση στο εσωτερικό του.

Σύμφωνα με τη μελέτη που εκπονήθηκε από διεπιστημονική επιτροπή, σκοπός του νέου Μουσείου Παλαιόπολης είναι η συλλογή, καταγραφή, μελέτη, επιμέλεια, ερμηνεία και παρουσίαση των πολιτιστικών υλικών αντικειμένων και άυλων δεδομένων που αφορούν στο κτήμα του Mon Repos, την πολιτιστική και φυσική κληρονομιά του, την έπαυλη και τους κατοίκους του από την ημέρα δημιουργίας του ως σήμερα.

Η έκθεση στοχεύει στην ανάδειξη του χαρακτήρα της έπαυλης και του κτήματος του Μon Repos ως ιστορικού κτηρίου μέσα από συγκεκριμένες ενότητες, που προβάλουν την ιστορική εποχή κατά την οποία ανεγέρθηκε και χρησιμοποιήθηκε η έπαυλη και καταδεικνύουν την ιστορικότητα της Παλαιόπολης, ως πόλης με μακρόχρονο βίο.
Επιπλέον, η έκθεση στοχεύει στην ευαισθητοποίηση της τοπικής κοινωνίας πάνω σε αρχαιολογικά και γενικότερα πολιτιστικά θέματα, καθώς και στην ανάδειξη του ευρύτερου χώρου του κτήματος Mon Repos σε πόλο έλξης και αναψυχής των Κερκυραίων και των επισκεπτών της Κέρκυρας.

Στο Μουσείο Mon Repos διαμορφώθηκαν και λειτουργούν ως επισκέψιμες οι παρακάτω αίθουσες:

ΙΣΟΓΕΙΟ: Αίθουσα 1. Είσοδος: Εισαγωγή των επισκεπτών στο σκοπό, τους στόχους και τη φυσιογνωμία του Μουσείου. Αίθουσα 2: Cafe. Χώρος συζήτησης και αναψυχής, με επίπλωση στο στυλ του 19ου αι. Αίθουσα 3: Παρουσίαση του ιστορικού ανέγερσης του κτηρίου και της ζωής του πρώτου ενοίκου του, Άγγλου Ύπατου Αρμοστή Adam. Αίθουσα 4: Η ιστορία του κτηρίου από το 1832 ως το 1967 και οι χρήσεις του από την εποχή ίδρυσής του ως την εγκατάλειψή του. Αίθουσα 5: Παρουσίαση του ιστορικού των ανασκαφικών ερευνών στο χώρο της Παλαιόπολης και της σημασίας τους για την μετέπειτα ερευνητική δουλειά στο χώρο. Αίθουσα 6: Η περίοδος του ρομαντισμού, η ιδεολογία και μορφολογία των κήπων κατά το 19ο αιώνα. Αίθουσα 7: Παρουσίαση της τοπογραφίας και της χρονολογικής εξέλιξης της αρχαίας Κέρκυρας, μέσω μακέτας της χερσονήσου του Κανονιού, χρονολογίου και φωτογραφιών. Αίθουσα 8: Η περίοδος της Αντιβασιλείας (Regency Style) στην Κέρκυρα.

Α΄ ΟΡΟΦΟΣ: Αίθουσα 9: "Περίπλους", παρουσίαση της καθοριστικής για την ιστορική εξέλιξη θέσης του νησιού στο μεσογειακό χώρο. Αίθουσα 10: Ο δημόσιος χώρος της αρχαίας πόλης, η αρχαία Αγορά. Αίθουσα 11: Τα λουτρικά συγκροτήματα της Παλαιόπολης. Αίθουσα 12: Ιερά και λατρείες στην αρχαία Κέρκυρα. Αίθουσα 13: Παρουσίαση της Παλαιόπολης κατά την Παλαιοχριστιανική εποχή ή έκθεση φωτογραφιών από το αρχείο της Η΄ ΕΠΚΑ με τους πιο σημαντικούς χώρους και ανασκαφές στην Παλαιόπολη. Αίθουσα 14: Εικόνες της Επτανησιακής Σχολής ή Αίθουσα προβολών και διαλέξεων.

Β΄ ΟΡΟΦΟΣ: Χώρος περιοδικών εκθέσεων. Αίθουσα εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων.

Το Μουσείο λειτουργεί από τον Οκτώβριο του 2001.