Τα εκπαιδευτικά προγράμματα αφορούν μαθητές προσχολικής ηλικίας, Α΄Δημοτικού, Γ΄Δημοτικού, Δ΄ Δημοτικού και Α΄Γυμνασίου. Στην προσπάθεια επαφής των μαθητών με το Μουσείο χρησιμοποιείται το παιχνίδι, δημιουργικότητα και η φαντασία.
Οι μαθητές της πρώτης σχολικής ηλικίας γνωρίζουν τα αρχαία παιχνίδια μέσα από αντικείμενα των προθηκών και τα αντίγραφα των αυθεντικών, τα οποία έχουν τη δυνατότητα να τα περιεργαστουν και να τα παίξουν.
Οι μαθητές της τρίτης δημοτικού κατανοούν την προϊστορική τεχνολογία και προσεγγίζουν τον νεολιθικό πολιτισμό της Θράκης μέσα παό τη γνωριμία ευρημάτων, όπως λίθινα όπλα και εργαλεία, θραύσματα αγγείων, αντίγραφα ειδωλίων και υφαντικά βάρη.
Οι μαθητές της τετάρτης δημοτικού γνωρίζουν την αρχαιότητα και τα εξελικτικά της στάδια από την Αρχαϊκή έως την Ελληνιστική εποχή μέσα από την προσέγγιση της γλυπτικής, αγγειογραφίας, θρησκείας και κοσμηματοτεχνίας.
Οι μαθητές της Α΄ γυμνασίου παρακολουθούν την προσετοιμασία του πηλού και των χρωμάτων, το πλασιμο των αγγείων και της όπτησής τους βάσει του σχετικού εντύπου και των αντικειμένων των προθηκών.

Οι τίτλοι των εκπαιδευτικών προγραμμάτων έχουν ως εξής:
- για την Α΄ δημοτικού: "Κουκλάκια, παιχνιδάκια, πραγματάκια για παιδάκια στην αρχαία Θράκη". Εξοικείωση των παιδιών με αντίγραφα παιχνιδιών της αρχαιότητας.
- για την Γ΄ δημοτικού: " Η προϊστορική εποχή στη Θράκη". Γνωριμία των παιδιών με το πρϊστορικό πολιτισμό της Θράκης
- για την Δ΄ δημοτικού: "Μεγαλώνοντας στην Αρχαία Θράκη - Παιδιά και νέοι στην Αρχαιότητα". Προσέγγιση της αρχαϊκής, κλασικής και ελληνιστικής τέχνης της Θράκης.
- για την την Α΄ γυμνασίου : "Ερμαγόρας". Γνωριμία με την κεραμική τεχνολογία και τυπολογία.

Χρηματοδότης: ΥΠΠΟ