Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα έχει σαν σκοπό την αναζωογόνηση του Μουσείου και του αρχαιολογικού χώρου της Νέας Μονής, την προσέγγιση του βυζαντινού πολιτισμού με τρόπο ζωντανό και άμεσο, την έμπνευση σεβασμού για την πολιτιστική κληρονομιά και την ένταξη της πολιτιστικής κληρονομιάς στη σύγχρονη ζωή.

Κατά τη διάρκεια του προγράμματος, οι μαθητές αφήνονται στην ευεργετική επιδραση της φύσης και έχουν την ευκαιρία να αντιληφθούν τη σημασία της ισορροπημένης σχέσης φυσικού περιβάλλοντος και ιστορικού μνημείου. Παρατηρώντας τον περίβολο και τα κτήρια ανακαλύπτουν τη λειτουργική τους χρήση, συζητώντας ξετυλίγουν το νήμα της ιστορίας της μονής.
Η φαντασία αφήνεται ελεύθερη να δημιουργήσει τα δικά της ψηφιδωτά και να αναπλάσει πτυχές του μοναστικού βίου.

Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα διενεργείται μία φορά την εβδομάδα από 2 αρχαιολόγους και 1 συντηρητή της 3ης Εφορείας, το φθινόπωρο και την άνοιξη, και απευθύνεται σε μαθητές από 10 - 17 ετών.

Η λειτουργία του ξεκίνησε τον Μάιο του 1995. Στο μοναστηριακό συγκρότημα της Νέας Μονής οι μαθητές παρατηρούν και αναγνωρίζουν τα κτήρια που το απαρτίοζουν και με τη μέθοδο των ερωταποκρίσεων ενημρώνονται για τη λειτουργική τους χρήση, τα υλικά δομής και τον τρόπο κτισίματός τους.
Τα παιδιά με τα κατάλληλα ερεθίσματα αφήνουν την φαντασία τους ελεύθερη να ταξιδέψει στο χρόνο και να αναπλάσει την καθημερινή ζωή των μοναχών. Κατά την επίσκεψή τους, δίνεται έμφαση στην τέχνη και τεχνική του ψηφιδωτού.
Στο τέλος του προγράμματος τα παιδιά χωρίζονται σε ομάδες και κατασκευάζουν δικό τους ψηφιδωτό.

Η ενεργή συμμετοχή τους στη δραστηριότητα κατασκευής ψηφιδωτού αποτελεί επακόλουθο του θαυμασμού που προκαλεί ο εξαιρετικής ποιότητας ψηφιδωτός διάκοσμος του Καθολικού , λαμπρό έργο καλλιτεχνών από την Κων/πολη.