Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα με τίτλο "Εμποριό: Φύση, Ιστορία, Πολιτισμός" πραγματοποιήθηκε για πρώτη φορά το 1999 στο Δημοτικό Σχολείο του Βροντάδου Χίου στα πλαίσια του προγράμματος "Μελίνα: Εκπαίδευση και Πολιτισμός". Από τον Νοέμβριο του 2002 το πρόγραμμα παρουσιάζεται εκ νέου στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χίου, με αφορμή τόσο τη νέα έκθεση του Μουσείου, στην οποία συμπεριλαμβάνονται τα σημαντικά ευρήματα από την ανασκαφή της Αγγλικής Αρχαιολογικής Σχολής στον προϊστορικό και αρχαϊκό οικισμό του Εμποριού, όσο και την ανάδειξη του αρχαιολογικού χώρου του αρχαίου οικισμού στα πλαίσια του Επιχειρησιακού Προγράμματος "Πολιτισμός".
Ο σκοπός του εκπαιδευτικού προγράμματος είναι να κατανοήσουν οι μαθητές των σχολείων της Χίου τη σπουδαία θέση του Εμποριού στο νησί και στην ευρύτερη περιοχή του Αιγαίου πελάγους, της ηπειρωτικής Ελλάδας και της Μικράς Ασίας, καθώς και την ιστορία του οικισμού, που αναπτύχθηκε στην παραλία και στο λόφο του Προφήτη Ηλία από την προϊστορική έως την παλαιοχριστιανική εποχή. Με σύντομες αναφορές στην καθημερινή ζωή, στο εμπόριο και στην ανταλλαγή των αγαθών με τα πλοία που έφταναν στο λιμάνι, στον τρόπο κατασκευής και διακόσμησης των αγγείων, στη λατρεία των θεών, στην αρχιτεκτονική των κτισμάτων, οι μαθητές γνωρίζουν τη δομή και την οργάνωση της κοινωνίας στο Εμποριό στο πέρασμα των χρόνων.
Για την καλύτερη αφομοίωση της ιστορίας και του πολιτισμού που αναπτύχθηκε στο Εμποριό, το εκπαιδευτικό πρόγραμμα περιλαμβάνει έντυπα, ξενάγηση των παιδιών στις αίθουσες του Μουσείου, εικαστικές εκδηλώσεις και παιχνίδια, στα οποία έχουν ενεργό συμμετοχή.
Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα "Εμποριό: Φύση, Ιστορία, Πολιτισμός" πραγματοποιείται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χίου τρεις φορές την εβδομάδα και απευθύνεται σε μαθητές των τριών τελευταίων τάξεων του Δημοτικού.
Για την πληρέστερη κατανόηση του αντικειμένου, ο μέγιστος αριθμός των μαθητών που γίνεται δεκτός σε κάθε συνάντηση, η οποία διαρκεί τέσσερις ώρες, είναι 15 μαθητές από κάθε τάξη. Με διάφορες μορφές επικοινωνίας και εργασίας (ξενάγηση, αφήγηση - διάλεξη, ερωτηματική μέθοδο, κατευθυνόμενη συζήτηση, ελεύθερο διάλογο, ατομική και ομαδική εργασία) οι μαθητές έρχονται σε επαφή με τα σκεύη και τα αντικείμενα που χρησιμοποιούσαν οι κάτοικοι του οικισμού στην καθημερινή ζωή τους, γνωρίζουν τις λατρευτικές και κοινωνικές συνήθειές τους, και παράλληλα εξοικειώνονται με τα μνημεία του αρχαιολογικού χώρου, προσεγγίζοντας με αυτό τον τρόπο την ιστορία και τον πολιτισμό του Εμποριού από την προϊστορική έως την παλαιοχριστιανική εποχή.
Μία εκπαιδεύτρια αναλαμβάνει να ξεναγήσει τους μαθητές στις αίθουσες του Μουσείου, χρησιμοποιώντας ως εποπτικό υλικό τα ίδια τα εκθέματα και φωτογραφίες.
Στη συνέχεια τα παιδιά μεταφέρονται στην αίθουσα εκδηλώσεων, η οποία έχει διαμορφωθεί κατάλληλα για εκπαιδευτικές δραστηριότητες με χάρτες, πίνακες και φωτογραφίες. Σε αυτό το χώρο η υπεύθυνη αφηγείται το ιστορικό παραμύθι του εντύπου που έχει εκδοθεί στα πλαίσια του προγράμματος. Κάθε φορά που ολοκληρώνεται η διήγηση μιας χρονολογικής ενότητας, ακολουθούν ερωτήσεις και συζήτηση για να διακοπεί η μονοτονία του μονολόγου και για να συμμετέχουν οι μαθητές στη διαδικασία. Στο τέλος της συνάντησης τα παιδιά διασκεδάζουν με λεξοπαίχνιδα (ακροστιχίδα, αντιστοιχία λέξεων, σωστό ή λάθος κ.ά.) και ποικίλες εικαστικές δραστηριότητες:
ζωγραφική, κατασκευές, θεατρικές αναπαραστάσεις με θέματα όπως η ζωή γύρω από το λιμάνι και το εμπόριο, η καθημερινή ζωή μιας οικογένειας, το επάγγελμα του αγγειοπλάστη, κ.ά.
Τα κείμενα του εκπαιδευτικού εντύπου "Εμποριό: Φύση, Ιστορία, Πολιτισμός", το οποίο θα διανέμεται στους μαθητές και τους δασκάλους, οφείλονται στην αρχαιολόγο κ. Λίλλιαν Αχειλαρά, με συμβολή της ωρομίσθιας αρχαιολόγου κ. Μαρίας Παππά, ενώ η παρουσίαση και η εκτέλεσή του προγράμματος στην ωρομίσθια αρχαιολόγο κ. Δέσποινα Τσαρδάκα. Οι δαπάνες τόσο για τον σχεδιασμό όσο και για την υλοποίησή του καλύπτονται από το ΥΠΠΟ.