Η ανασκαφική έρευνα άρχισε από το 1985, προκειμένου να επεκταθεί σε όλη την έκταση της πλατείας, ούτως ώστε να προχωρήσει το ΥΠΠΟ στις σχετικές απαλλοτριώσεις και να διαμορφωθεί ως αρχαιολογικός χώρος, ενοποιώντας τις ανασκαφές των οικοπέδων Χαλίλογλου, Κωνσταντινίδη και Αγίου Σπυρίδωνα).
Κάτω από τα ερείπια της εκκλησίας της Ιπποτοκρατίας αποκαλύφθηκε το κεντρικό και νότιο κλίτος τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής, όπου στη βυζαντινή περίοδο κτίσθηκε μονόχωρος ναός χρησιμοποιώντας το μαρμαροθετημένο δάπεδο της βασιλικής.
Στο ΝΑ άκρο διαμορφώνεται ένα είδος παστοφορίου, το κεντρικό κλίτος έχει βαθμιδωτό σύνθρονο. Ο χώρος της ιπποτικής εκκλησίας χρησιμοποιήθηκε και ως νεκροταφείο. Ανεσκάφησαν 40 περίπου κιβωτιόσχημοι τάφοι.
Επίσης βρέθηκε μέρος του αιθρίου στο γειτονικό οικόπεδο Κωνσταντινίδη. Δεν έχει ακόμη αποκαλυφθεί το νότιο κλίτος.

Η εκκλησία της Ιπποτοκρατίας θεμελιώθηκε σε ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής, τρίκλιτης, με παστοφόριο στα νότια, με μαρμαροθετημένο δάπεδο και αίθριο.
Στην κεντρική αψίδα διαμορφώνεται το βαθμιδωτό σύνθρονο και στο νότιο κλίτος κτίσθηκε μονόχωρος βυζαντινός ναός με τοιχογραφίες των αρχών του 13ου αιώνα.
Η εκκλησία καταστράφηκε από βομβαρδισμούς κατά το Β΄Παγκόσμιο Πόλεμο. Ανήκε στον τύπο του σταυροειδούς εγγεγραμμένου με τρούλλο. Σώζονται ίχνη τοιχογραφιών (ιεράρχες) στην κεντρική αψίδα.