Ο αρχαιολογικός χώρος του Αγίου Παντελεήμονα Αμυνταίου αποτελεί την μια από τις πρωιμότερες νεολιθικές εγκαταστάσεις στο Νομό Φλώρινας και την πρωιμότερη ως τώρα παραλίμνια θέση στον βορειοελλαδικό χώρο που ανασκάπτεται και που προτείνεται για ανάδειξη.
Στον ευρύτερο χώρο διεξήχθη σειρά διερευνητικών τομών με σκοπό την οριοθέτηση της έκτασης του οικισμού και τη συλλογή δεδομένων για τη διαστρωμάτωση της θέσης και τον προσδιορισμό των ιδιαίτερων χαρακτηριστικών της.
Κατά το έτος 2000 πραγματοποιήθηκε στο κέντρο περίπου του οικισμού, ανασκαφική τομή διαστάσεων 10 χ 10μ. από όπου συνελέγη μεγάλη ποσότητα ευρημάτων(κεραμική, εργαλεία, οστά, μικροαντικείμενα, ειδώλια) και αποκαλύφθηκε τμήμα του νεολιθικού νεκροταφείου και αρχιτεκτονικά κατάλοιπα, που χρονολογούνται από την Αρχαιότερη ως και την Νεότερη Νεολιθική Περίοδο(6500- 4800 π.Χ.).

Ο παραλίμνιος οικισμός χαρακτηρίζεται από παρατεταμένη διάρκεια κατοίκησης, η οποία καλύπτει 5,5 σχεδόν χιλιετίες και εκτείνεται χρονικά στο σύνολο σχεδόν της Νεολιθικής Εποχής και της Εποχής του Χαλκού (6500-1200 π.Χ.). Η έκταση του οικισμού στις διάφορες περιόδους κυμαίνεται από 2 έως 30 στρέμματα .
Η μέγιστη ακμή του οικισμού προσδιορίζεται στην Μέση Νεολιθική Περίοδο ενώ αντίθετα παρουσιάζεται έντονη συρρίκνωσή και οριστική εγκατάλειψή του στην Ύστερη Εποχή του Χαλκού. Από την επιφανειακή έρευνα στο χώρο συνελέγη : μεγάλη ποσότητα κεραμικής, αρκετά πήλινα ειδώλια, λίθινα και οστέινα εργαλεία, σφονδύλια και σειρά άλλων μικροαντικειμένων.