Αν και στα όρια του όρμου του Αγίου Ιωάννη ήταν γνωστοί από την περίοδο του μεσοπολέμου δύο πύργοι, μόλις το 1983 διενεργήθηκε από την ΙΗ' Εφορεία ανασκαφική έρευνα στο ανατολικό άκρο της ακτής . Εντοπίστηκαν οικιστικά λείψανα υστερορρωμαϊκών χρόνων.
Το 1998, υπήρξε μια δεύτερη περίοδος εργασιών στο δυτικό όμως άκρο της. Αποκαλύφθηκε μεγάλο κτίσμα, του οποίου ανασκάφηκαν μόνον τρεις χώροι και μια αποθηκευτική κατασκευή μικρών διαστάσεων. Χάλκινα νομίσματα, όπως φόλλεις Ιουστίνου ΙΙ , άλλα μικροευρήματα όπως ένας χάλκινος σταυρός αλλά και η άφθονη 'κτενωτή' κεραμική τοποθετούν το στρώμα καταστροφής της πρώτης φάσης του κτιρίου λίγο πριν το τέλος του 6ου αι μ.Χ., ενώ οριστικά πρέπει να εγκαταλείπεται με την έναρξη του 7ου αιώνα.
Η ταυτότητά του αποκαλύφθηκε από τα επιφανειακά ήδη ευρήματα: δύο τμήματα από πιεστήριο μεγάλων διαστάσεων και ένας μύλος από trapetum, δηλώνουν την παρουσία εργαστηρίου επεξεργασίας της ελιάς.
Σε απόσταση 100 περίπου μ. Ανατ. του κτιρίου εντοπίστηκε, αν και πολύ βαθύτερα, χτιστό πηγάδι, χωρίς δυστυχώς ενδείξεις για τη χρονολόγησή του, ενώ διαπιστώθηκε επίσης ότι ολόκληρο το δυτικό τμήμα του όρμου 'στεγάζει' μια εγκατάσταση προϊστορικών χρόνων, που πρέπει να ιδρύθηκε πριν από τα μέσα της 4ης χιλιετίας.
Εδώ ήρθε στο φως εντυπωσιακός αριθμός από φούρνους/εστίες με δάπεδα πηλό και υπόστρωμα από βότσαλα, όστρακα και πλακαρές πέτρες. Επίσης ενοπίστηκαν έδρανα λιθόκτιστα, λάκκοι απορριμμάτων, και ένα τουλάχιστον εκτεταμένο δάπεδα από κόκκινο πηλό.
Ο εργαλειακός εξοπλισμός δεν περιλαμβάνει παρά μικρό αριθμό απολεπισμάτων χαλαζία και μόλις δύο ή τρία θραύσματα εργαλείων από πυριτόλιθο. Υπάρχουν ωστόσο ορισμένα εργαλεία που μαρτυρούν την άσκηση της γεωργίας αλλά και σφοντύλια για την υφαντική.
Στο ζωοαρχαιολογικό υλικό κυριαρχούν τα αιγοπρόβατα, αλλά βασική οικονομική στρατηγική της μικρής αυτής εγκατάστασης πρέπει να ήταν η αλιεία.
Συχνή είναι η παρουσία μαγειρικών σκευών δίπλα στις εστίες αλλά και μιας σειράς πλακαρών ορθογώνιων ή κυκλικών λίθινων εργαλείων των οποίνω αγνοούμε τον ακριβή προορισμό.
Σε απόσταση 100 περίπου μ. βορειότερα εντοπίστηκαν δύο τραπεζιόσχημα ορύγματα με επένδυση από όρθιες πλάκες, ίσως τάφοι, δυστυχώς χωρίς οποιαδήποτε χρονολογική ένδειξη.
Φέτος, οι εργασίες επικεντρώθηκαν στο χώρο της προϊστορικής εγκατάστασης, αποκαλύπτοντας έναν καταυλισμό, άμεσα εξαρτώμενο από τις δυνατότητες που προσφέρει η θέση για οργανωμένη αλιεία και κτηνοτροφία.
Εξακολουθούν αν κυριαρχούν οι θερμαντικές κατασκευές κυκλικού σχήματος, με δάπεδο από κίτρινο πηλό και υπόστρωμα από πλακαρούς λίθους και βότσαλα.
Εμφανίζουν μεγάλη πυκνότητα, και συχνά επικαλύπτουν η μία την άλλη. Ορισμένες διασώζουν το περιχείλωμά τους σε αρκετό ύψος, ενώ πάνω και δίπλα σε κάποιες εντοπίστηκαν και φέτος μαγειρικά και αποθηκευτικά σκεύη.
Σε άμεση γειτνίαση με τις κατασκευές αυτές υπήρχαν δύο κυκλικές πλάκες από γνεύσιο, με διάμετρο 1,50 περίπου μ., οι οποίες εδράζονται κατευθείαν πάνω στο χώμα
Στο δυτικό τμήμα της ανασκαμμένης έκτασης ήρθαν στο φως δύο καμπυλόγραμμα τοιχία, δυστυχώς αρκετά κατεστραμμένα, και χωρίς να εμφανίζουν περισσότερες από μία ή δύο σειρές δόμων. Θα μπορούσαμε να υποστηρίξουμε, με πολλές επιφυλάξεις, ότι ανήκουν στη θεμελίωση δύο κυκλικών κτισμάτων της εγκατάστασης, ανάλογων εκείνων που γνωρίζουμε την ίδια περίοδο από άλλες αιγαιακές θέσεις όπως η Πολιόχνη και η Μύρινα.
Δίπλα στις εστίες εντοπίστηκε επίσης μεγάλος αριθμός πήλινων κυλινδρικών βαριδίων για αλιευτικά δίχτυα, αλλά και πολλά σφοντύλια, που αποδεικνύουν την άσκηση της υφαντικής.
Η κεραμική χαρακτηρίζεται από σφαιρικές χύτρες με διάτρητες λαβές πάνω στο χείλος ή στο σώμα, δικωνικούς πίθους, κάποιους με ανάγλυφη διακόσμηση, και βαθιά κύπελλα με χαρακτηριστικές ασύμμετρες λαβές με εμπίεση.
Συνηθίζονται επίσης οι επιμήκεις σωληνωτές λαβές και η διακόσμηση με ρηχές αυλακωτές γραμμές στο σώμα των αγγείων.
Η φάση αυτή, η πρωιμότερη της Πρώιμης Εποχής του Χαλκοιύ, μας είναι γνωστή στην Ανατολική Μακεδονία και από τη φάση IV των Σιταγρών.
Μια επαρκής σειρά βαθμολογημένων τιμών 14C επιβεβαιώνει την ένταξη της θέσης στην Τελική Νεολιθική, υποδεικνύοντας ένα εύρος κατοίκησης του όρμου του Αγίου Ιωάννη από το 3600 ως το 3000 π.Χ.
Φέτος ολοκληρώθηκε και η γεωμορφολογική έρευνα της θέσης, αν και δεν είναι ακόμη διαθέσιμα τα τελικά πορίσματά της.
