Το 1971 σε εργασίες λαθροανασκαφής στον αρχαιολογικό χώρο της αρχαίας Μαρώνειας αποκαλύφθηκε ψηφιδωτό δάπεδο που πιθανολογήθηκε ότι ανήκει σε παλαιοχριστιανική βασιλική. Το 1973-74 διενεργήθηκε ανασκαφική έρευνα μικρής διάρκειας προκειμένου να αποφασιστεί η τύχη του αγροτεμαχίου. Αποκαλύφηκε μεγάλο τμήμα του ψηφιδωτού δαπέδου (63 τ.μ) χωρίς να εντοπιστούν τα όρια του κτιρίου στο οποίο ανήκε. Στη συνέχεια ολοκληρώθηκε η απαλλοτρίωση του αγροτεμαχίου και το ψηφιδωτό παρέμεινε σκεπασμένο.

Το 1991 εντάχθηκε στο Ειδικό Πρόγραμμα Θράκης της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης το έργο "Ολοκλήρωση της ανασκαφής του κτιρίου και συντήρηση του ψηφιδωτού δαπέδου ". Το αποτέλεσμα των εργασιών ήταν η αποκάλυψη μεγάλης τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής στο αίθριο της οποίας ανήκε το ψηφιδωτό δάπεδο, τμήμα του μεσοβυζαντινού οικισμού και νεκροταφείου, με αποτέλεσμα τη διαμόρφωση ενός νέου βυζαντινού αρχαιολογικού χώρου στη Θράκη.
Το 1996-2001 και στο πλαίσιο του Β΄Κ.Π.Σ στο πρόγραμμα "Ανάδειξη αρχαιολογικών χώρων Θράκης: Βυζαντινή Μαρώνεια" άρχισαν εργασίες συντήρησης, ανάδειξης και διαμόρφωσης του μνημείου. Συγκεκριμένα συντηρήθηκε το ψηφιδωτό δάπεδο του αιθρίου και αποκαλύφθηκε ο νάρθηκας το βόρειο κλίτος, τμήμα του μεσαίου κλίτους, καθώς και ένα μεσοβυζαντινό ναϋδριο στο βόρειο κλίτος και κοσμικό κτίσμα. Το 2006 το έργο συνεχίστηκε στο πλαίσιο του Γ΄ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης με την αποκάλυψη του Ιερού Βήματος της βασιλικής, ενός μεσοβυζαντινού ναϋδρίου στο νότιο κλίτος και τμήματα του μεσοβυζαντινού οικισμού που κατέλαβαν το χώρο της βασιλικής μετά την καταστροφή της.

Χρηματοδότης: YΠΠΟ-Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας-Θράκης