Το έργο ήταν ενταγμένο στο γενικότερο πρόγραμμα του 3ου ΚΠΣ - ΠΕΠ Κρήτης με τίτλο "Δίκτυο Βυζαντινών & Μεταβυζαντινών Εκκλησιαστιακών Μνημείων Νομού Λασιθίου". Οι σχετικές εργασίες αναστήλωσης διήρκεσαν περίπου ένα χρόνο : ξεκίνησαν το Δεκέμβριο του 2002 & ολοκληρώθηκαν το Δεκέμβριο του επομένου έτους, το 2003.
Συνοπτικά πραγματοποιήθηκαν οι ακόλουθες εργασίες :
• Καθαίρεση του νεωτερικού κωδωνοστασίου
• Αφαίρεση των τσιμεντοκονιαμάτων και αποκάλυψη των σωζόμενων τμημάτων του τοιχογραφικού διακόσμου
• Καθαίρεση των νεωτερικών εξωτερικών επιχρισμάτων
• Καθαίρεση της κεράμωσης, που είχε κατασκευαστεί το 1974. Κάτω από αυτήν αποκαλύφθηκε τσιμεντοκονία επικάλυψης ενός στρώματος από χαλίκια και πηλοκονίαμα, σαθρού και ρηγματωμένου, που έφταναν μέχρι το εξωρράχιο των θόλων. Δεν σώθηκαν υπολείμματα παλαιότερης κεράμωσης. Μετά την καθαίρεση του στρώματος αυτού έγινε καλός καθαρισμός του εξωρραχίου, συρραφές των έντονων ρωγμών, κονίαμα υποστρώματος και νέα κεράμωση με κεραμίδια βυζαντινού τύπου
• Καθαρισμός και ακολούθως στερέωση όλων των λιθοδομών των τοιχοποιϊών και των θόλων με λιθοσυρραφές στις διαμπερείς ρωγμές, τοπικές μικρές ανακατασκευές, χαλικολόγημα και βαθύ αρμολόγημα
• Κατασκευή τοξωτού ανωφλίου στην νότια είσοδο
• Έλεγχος και στερέωση του θεμελίου της βόρειας όψης, κατασκευή αποστράγγισης και επανέλεγχος της αποστράγγισης στις άλλες πλευρές. Επίσης, κατασκευή πρόσθετης αποστράγγισης στην ανατολική πλευρά του ναού, σε απόσταση περίπου 2,50 μ. από το ιερό, που συντέλεσε στη δραστική μείωση της ανερχόμενης υγρασίας στους τοίχους
• Κατασκευή νέων επιχρισμάτων από ασβεστοθηραϊκό κονίαμα στις εξωτερικές όψεις, με στερέωση και διατήρηση των σωζόμενων τμημάτων του παλαιότερου επιχρίσματος στην ανατολική όψη
• Κατασκευή νέων πατητών επιχρισμάτων από ασβεστοθηραϊκό κονίαμα στο εσωτερικό, στα σημεία όπου οι τοιχογραφίες είχαν καταστραφεί, σε συνεργασία με τους συντηρητές του τοιχογραφικού διακόσμου
• Αποξήλωση της επικάλυψης του δαπέδου, αποκάλυψη & στερέωση τμήματος του αρχικού δαπέδου από αστρακάσβεστο στη βόρεια κεραία, ανασκαφική διερεύνηση δύο ταφών του κεντρικού κλίτους, περισυλλογή των οστών, καθαρισμός και στερέωση των τάφων, κάλυψη με γεωύφασμα, πλήρωση των τάφων με χαλίκι και στερέωση των καλυπτήριων πλακών τους στη στάθμη που βρέθηκαν.
Στόχος του υποέργου αυτού ήταν η αποκατάσταση του τοιχογραφημένου σταυρεπίστεγου ναού, που χρονολογείται στα τέλη του 13ου αι. - αρχές του 14ου αι., με απώτερο στόχο την ανάδειξη & προβολή του στο ευρύ κοινό.