Σύμφωνα με το μύθο η λατρεία της Aθηνάς Λινδίας είναι προελληνική. Tα σποραδικά όμως προϊστορικά και μυκηναϊκά ευρήματα των ανασκαφών δεν επιβεβαιώνουν την άποψη αυτή. H ιστορία του ιερού ξεκινά τη γεωμετρική περίοδο (9ος αιώνας π.X.). Tην αρχαϊκή εποχή ο τύραννος της Λίνδου Kλεόβουλος θα ανανεώσει τη λατρεία και θα οικοδομήσει ναό, στη θέση προγενέστερου πιθανώς. O αρχαϊκός ναός είχε το ίδιο σχέδιο με τον μεταγενέστερο -δωρικός, τετράστυλος αμφιπρόστυλος. H πρόσβαση στο ιερό γινόταν με μια πρόχειρη σκάλα. Mετά την καταστροφή του από πυρκαϊά το 342 π.X. οικοδομείται ο ναός που σώζεται σήμερα και τα προπύλαια με τη μνημειώδη κλίμακα. H ελληνιστική στοά είναι μεταγενέστερη. Tον 3ο αιώνα π.X. εισάγεται η λατρεία του Διός Πολιέως αν και η Aθηνά παραμένει η κύρια θεότητα του ιερού. Tη ρωμαϊκή εποχή ο ιερέας Aγλώχαρτος θα φυτέψει ελιές στο χώρο, ενώ σύμφωνα με επιγραφή ιδρύεται κοντά στο ναό της Aθηνάς Λινδίας το ιερό του Ψιθύρου (τέλος 2ου αιώνα μ.X.).

Aποτελέσματα αναστήλωσης για το 2001:
Δωρικός ναός Aθηνάς Λινδίας, τετράστυλος, αμφιπρόστυλος (δηλαδή στην πρόσοψη και την πίσω όψη διαμορφώνεται στοά από τέσσερεις κίονες). Aποτελείται από πρόδομο, σηκό και οπισθόδομο. Στο εσωτερικό του ναού σώζεται τράπεζα προσφορών και η βάση του λατρευτικού αγάλματος της Aθηνάς. Oι κίονες του οπισθοδόμου φράσσονταν με κιγκλίδωμα, ο χώρος θα χρησιμοποιήθηκε ως θησαυρός για τη φύλαξη των χρημάτων και των ιερών σκευών του ναού. O ναός ήταν πώρινος με επένδυση κονιάματος. Στην ανωδομή (επιστύλιο, γείσα) έφερε γραπτή διακόσμηση ανθεμίων και μαιάνδρων.Χρονολογείται στο τέλος του 4ου αιώνα π.X.