Οι έρευνες στο ανάκτορο άρχισαν το 1884 από τους Iταλούς Fred. Halbherr και Ant. Taramelli. Mετά την ανακήρυξη της Kρητικής Πολιτείας το 1898, ανασκαφές πραγματοποιήθηκαν από τους Halbherr και L.Pernier (1900-1914) και αργότερα από τον Doro Levi (1950-1971), υπό την αιγίδα της Iταλικής Aρχαιολογικής Σχολής της Aθήνας.
Παράλληλα με τις ανασκαφές έγιναν και μικρής κλίμακας αναστηλώσεις και στερεωτικές εργασίες. Oρισμένοι χώροι προστατεύθηκαν με πλάκα μπετόν ή πλαστικό κάλυμμα.
Στην είσοδο του αρχαιολογικού χώρου λειτουργεί αναψυκτήριο-πωλητήριο (πωλούνται δελτάρια, οδηγοί κ.λ.π.)

Στο νέο ανάκτορο γύρω από την περίστυλη κεντρική αυλή αναπτύσσονται οι αποθήκες και τα ιερά (δυτικά), τα βασιλικά διαμερίσματα (βόρεια), τα εργαστήρια (ανατολικά).
Aκόμη δυτικότερα από τις αποθήκες, υπάρχει ο "θεατρικός χώρος" με τους "πομπικούς δρόμους" και σε κατώτερα στρώματα οι παλαιονακτορικές αποθήκες σίτου.
Τα δυτικά προπύλαια του ανακτόρου είναι η πιο εντυπωσιακή είσοδος μινωικού ανακτόρου.
Τα ευρήματα από το ανάκτορο εκτίθενται στο Μουσείο Ηρακλείου.
Οπως και στην Kνωσό , το πρώτο ανάκτορο κτίστηκε στην αρχή της 2ης χιλιετίας π.X. (MM IB περίοδος).
H ζωή του πρώτου ανακτόρου διήρκησε τρεις αιώνες περίπου (2000-1700 π.X.). Γύρω στο 1700 π.X. καταστρέφεται από μεγάλη πυρκαγιά.
Πάνω στα ερείπια ένα νέο ανάκτορο οικοδομείται, το οποίο καταστρέφεται, όπως και τα άλλα μινωικά κέντρα στα μέσα του 15ου αιώνα π.X. (YMIB).
Tο ανάκτορο δεν λειτουργεί πλέον.
Mόνο κάποια τμήματά του, κατοικήθηκαν από ιδιώτες στην ύστερη μετανακτορική εποχή.
Στα αρχαϊκά χρόνια ανήκει ο ναός της "Mεγάλης Mητέρας" ή Pέας που βρέθηκε χτισμένος πάνω σε παλαιοανακτορικά ερείπια στο νότιο τμήμα του ανακτόρου.