Οι εργασίες Συντήρησης -Στερέωσης του Μεσαιωνικού Υδραγωγείου διήρκεσαν από το Σεπτέμβριο του 1997 έως το Σεπτέμβριο του 1999. Συντηρήθηκε το τμήμα του ανάμεσα στις δύο διεθνείς οδικές αρτηρίες, και συγκεκριμένα οι δύο επάλληλες καμάρες κάτω από τις οποίες διέρχεται η οδική αρτηρία προς Ξάνθη- Κομοτηνή και τα εκατέρωθεν αυτής μεσόβαθρα, καθώς και οι επόμενες τρείς καμάρες προς βορρά με τις επάλληλές τους και τους ενδιάμεσους πεσσούς. Η επέμβαση ολοκληρώθηκε σε δύο φάσεις :
Α΄ Φάση - Προετοιμασία των επιφανειών για τις στερεωτικές και οικοδομικές εργασίες
- Καθαίρεση επιχρισμάτων και σαθρών κονιαμάτων
-Καθαρισμός των γείσων και των βαθμωτών ΄΄δαπέδων΄΄των ανοιγμάτων από βλάστηση, ρίζες . χώματα, σαθρά κονιάματα
-Καθαρισμός με αμμοβολή των μαυρισμένων από ρύπους επιφανειών.
-Πλύσιμο των επιφανειών με νερό υπό πίεση για να απομακρυνθούν ελεύθερα τεμάχια κονιαμάτων, χώματα και σκόνες

Β΄ Φάση - Αποκατάσταση της δομής και της όψης του μνημείου (οικοδομικές εργασίες)
- Αποκατάσταση της τοιχοποιίας με προσθήκη λίθων, λιθαριών και πλίνθων
- Πλήρωση των βαθιών αρμών με ενισχυμένο μείγμα χαλαζιακής άμμου
-Πλύσιμο των επιφανειών με νερό
- Εφαρμογή ενισχυμένου συνδετικού κονιάματος στους αρμούς της τοιχοποιίας
-Επάλειψη των πλίνθων των τοξωτών ανοιγμάτων με υδατοαπωθητικό βερνίκι
-Εργασίες συντήρησης στον αγωγό του υδραγωγείου

Οι εργασίες της περιόδου 1997-2001 εντοπίστηκαν στο τμήμα του Μεσαιωνικού υδραγωγείου που αναπτύσσεται μεταξύ των δύο ρευμάτων κυκλοφορίας από και προς την πόλη της Καβάλας. Το συγκεκριμένο τμήμα έχει το μεγα-λύτερο ύψος (περίπου 28μ.) και απαίτησε εγκατάσταση υψηλών ικριωμάτων.
Μετά από ορισμένες δοκιμές, επελέγη η συνολική απομάκρυνση των κονιαμάτων με χειρονακτικά και μηχανικά μέσα και καθορίστηκε η σύσταση των κονιαμάτων. Ο αγωγός καθαρίστηκε και στεγανοποιήθηκε με κονιάματα ειδικών συνθέσεων. Οι συμπληρώσεις λιθοδομής και πλινθοδομής ήταν πολύ περιορισμένες. Οι εργασίες καταγράφονται με αρχαιολογική μέθοδο και τεκμηριώνονται φωτογραφικά και σχεδιαστικά.
Η εικόνα που παρουσίασε το μνημείο μετά την αποκατάσταση ικανοποίησε τον κόσμο της πόλης και προκάλεσε την χορηγία από δύο ιδιωτικές επιχειρήσεις του πόσου των 10.000.000 εκατ. δρχ. έκαστη. Η συνέχιση του έργου έχει ενταχθεί στο Γ΄Κ.Π.Σ., με το οποίο αναμένεται και να ολοκληρωθούν οι εργασίες συντήρησης και αποκατάστασης. Το μνημείο θα πρέπει κατόπιν να φωτιστεί με με βάση σύγχρονες μεθόδους, υλικά και αντιλήψεις.

Χρηματοδότης:Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας- Θράκης (Επιχορήγηση Αρχαιολογικής Εταιρείας)