Η Μ.Ε.Ε. ασκεί τις αρμοδιότητες που προβλέπονται στο άρθρο 10 παρ. 2 του ν. 4795/2021 (Α’ 62) «Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου του Δημόσιου Τομέα, Σύμβουλος Ακεραιότητας στη Δημόσια Διοίκηση και άλλες διατάξεις για τη δημόσια διοίκηση και την τοπική αυτοδιοίκηση.» και σύμφωνα με τα οριζόμενα στο άρθρο 81 παρ. 7 του ιδίου νόμου.
 
(Πληροφορίες ειδικότερα για τις αρμοδιότητες θα βρείτε παρακάτω στο πεδίο «Σχετικά Αρχεία» στο αρχείο με τίτλο «N.4795 - 2021 - Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου» άρθρο 10)
 
Οι Μονάδες Εσωτερικού Ελέγχου είναι αρμόδιες για το Υπουργείο και τους εποπτευόμενους από αυτό φορείς, οι οποίοι δεν έχουν δική τους Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου, και έχουν τους ακόλουθους επιχειρησιακούς στόχους:
(α) τον έλεγχο των συστημάτων διακυβέρνησης και λειτουργίας και την παροχή διαβεβαίωσης περί της επάρκειας αυτών, με σκοπό την υποστήριξη του Υπουργείου για την επίτευξη των στρατηγικών του στόχων και για τη λήψη μέτρων, όπου απαιτείται,
(β) την παροχή συμβουλευτικών υπηρεσιών στην ηγεσία του Υπουργείου με στόχο τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας των διαδικασιών διαχείρισης κινδύνου και των διαδικασιών ενδογενούς ελέγχου (internal control),
(γ) τη διασφάλιση της ορθής, αποτελεσματικής και ασφαλούς διαχείρισης και χρήσης των πληροφοριακών συστημάτων,
(δ) την αξιολόγηση της λειτουργίας, των δραστηριοτήτων και των προγραμμάτων του Υπουργείου βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης και
(ε) τον εντοπισμό και την άμεση και αποτελεσματική διερεύνηση και εξιχνίαση υποθέσεων παράτυπης συμπεριφοράς, παραβίασης της ακεραιότητας και διαφθοράς, η οποία συντελείται με την εμπλοκή υπαλλήλων του Υπουργείου ή των εποπτευόμενων φορέων, σε ποινικά αδικήματα και  πειθαρχικά παραπτώματα.