H Εφορεία Αρχαιοτήτων Δωδεκανήσου έχει έδρα τη Ρόδο και χωρική αρμοδιότητα τις περιφερειακές ενότητες Καλύμνου, Καρπάθου-Κάσου, Κω και Ρόδου.
 
Σύμφωνα με το Π.Δ. 4/19-01-2018 (ΦΕΚ 7/Α΄/22-01-2018), οι αρμοδιότητες των Εφορειών Αρχαιοτήτων είναι οι εξής:
α) Η επιστημονική έρευνα, η αποκάλυψη, η διατήρηση, η συντήρηση, η προστασία, η ανάδειξη, η προβολή και η φύλαξη των αρχαιοτήτων, η έκθεσή τους σε Μουσεία, καθώς και η συμμετοχή τους σε εκθέσεις στην ημεδαπή και αλλοδαπή. Επιπλέον, η μελέτη, ο προγραμματισμός, η διαχείριση και η εκτέλεση οποιουδήποτε αρχαιολογικού έργου συντήρησης, επισκευής, αποκατάστασης, αναστήλωσης, ανάδειξης και διαμόρφωσης των μνημείων και αρχαιολογικών χώρων, καθώς και του άμεσου φυσικού ή μη περιβάλλοντός τους, η εκτέλεση όλων των ανωτέρω έργων με αυτεπιστασία και απολογιστικά σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις.
β) Η μέριμνα για την επιστημονική μελέτη και δημοσίευση των αρχαιοτήτων, η διαχείριση των μνημείων, των αρχαιολογικών χώρων, των μουσείων και των συλλογών χωρικής τους ευθύνης, τα οποία ανήκουν στο Κράτος, η συμμετοχή σε διεθνή και ευρωπαϊκά προγράμματα, η διοργάνωση και η συμμετοχή σε ημερίδες, συνέδρια, σεμινάρια. Επιπροσθέτως, ο σχεδιασμός, η οργάνωση και η παρουσίαση εκπαιδευτικών προγραμμάτων, εκδηλώσεων ανάδειξης του πολιτιστικού αποθέματος, η προβολή των επικοινωνιακών δράσεων, καθώς και η παραγωγή συμβατικών και ψηφιακών εκδόσεων και εκπαιδευτικού υλικού.
γ) Η ετήσια κατάρτιση και συνεχής επικαιροποίηση του Επιχειρησιακού Σχεδίου της Εφορείας, η σύνταξη προτάσεων για την ένταξη νέων έργων σε συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα ή η υλοποίησή τους από εθνικούς πόρους, εσόδων μνημείων και μουσείων περιλαμβανομένων, η αποτίμηση της στοχοθεσίας της και η αναπροσαρμογή των στόχων.
δ) Η πρακτική άσκηση φοιτητών/σπουδαστών ΑΕΙ/ΤΕΙ στους χώρους αρμοδιότητας της εφόσον δεν προκύπτει δαπάνη που θα βαρύνει το ΥΠ.ΠΟ.Α.
Όπως κάθε Περιφερειακή Υπηρεσία της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς, η Εφ.Α. Δωδεκανήσου συνεργάζεται με τις αντίστοιχες Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας και τις λοιπές Υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού και εκτελεί έργα, τα οποία περιλαμβάνονται στο ετήσιο Πρόγραμμα Δράσης, όπως εγκρίνεται από τον Υπουργό, μετά από γνώμη των αρμόδιων Συμβουλίων. Προετοιμάζει τους φακέλους για την εισαγωγή των θεμάτων στο οικείο Τοπικό Συμβούλιο Μνημείων και συντάσσει προτάσεις προς τις οικείες Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας για την εισαγωγή θεμάτων στα κεντρικά γνωμοδοτικά όργανα, όπως ορίζει η κείμενη νομοθεσία.​