Η Εφορεία Αρχαιοτήτων Ζακύνθου, η οποία συστάθηκε με το Π.Δ. 104/2014 (ΦΕΚ 171/Α/28-08-2014) «Οργανισμός του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού», όπως τροποποιήθηκε με τα άρθρα 31 και 39 του Ν.4305/2014 (ΦΕΚ Α’ 237/31.10.2014) και ισχύει, είναι Περιφερειακή Υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού, Παιδείας και Θρησκευμάτων, υπαγόμενη στη Γενική Διεύθυνση Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς, λειτουργεί σε επίπεδο Διεύθυνσης, έχει έδρα τη Ζάκυνθο και χωρική αρμοδιότητα την Περιφερειακή Ενότητα Ζακύνθου. Με την έκδοση του νέου οργανισμού, στην αρμοδιότητα της Υπηρεσίας έχουν πλέον περιέλθει όλες οι αρμοδιότητες της τέως ΛΕ΄ ΕΠΚΑ (νυν ΕΦΑ Κεφαλληνίας και Ιθάκης), που σχετίζονταν με τους αρχαιολογικούς χώρους και μνημεία της Περιφερειακής Ενότητας Ζακύνθου.

Η αρμοδιότητα της Εφορείας ανάγεται σε όλα τα θέματα σχετικά με την επιστημονική έρευνα, την αποκάλυψη, τη διατήρηση, τη συντήρηση, την προστασία, την ανάδειξη, την προβολή και τη φύλαξη των αρχαιοτήτων, την έκθεσή τους σε Μουσεία, καθώς και τη συμμετοχή τους σε εκθέσεις στην ημεδαπή και αλλοδαπή. Επιπλέον, αρμοδιότητα της Εφορείας αποτελούν η μελέτη, ο προγραμματισμός, η διαχείριση και η εκτέλεση οιουδήποτε αρχαιολογικού έργου συντήρησης, επισκευής, αποκατάστασης, αναστήλωσης, ανάδειξης και διαμόρφωσης των μνημείων και αρχαιολογικών χώρων, καθώς και του άμεσου φυσικού ή μη περιβάλλοντός τους, η εκτέλεση όλων των ανωτέρω έργων με αυτεπιστασία και απολογιστικά σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις. Επίσης, η Εφορεία Αρχαιοτήτων Ζακύνθου στα πλαίσια των αρμοδιοτήτων της μεριμνά για την επιστημονική μελέτη και δημοσίευση των αρχαιοτήτων, για τη διαχείριση των μνημείων, των αρχαιολογικών χώρων, των μουσείων και των συλλογών, χωρικής της ευθύνης, τα οποία ανήκουν στο Κράτος, για τη συμμετοχή σε διεθνή και ευρωπαϊκά προγράμματα, τη διοργάνωση και τη συμμετοχή σε ημερίδες, συνέδρια, σεμινάρια και εκπαιδευτικές δράσεις για θέματα που αφορούν στις αρμοδιότητες της Εφορείας, για την παραγωγή συμβατικών και ψηφιακών εκδόσεων και εκπαιδευτικού υλικού, την προετοιμασία των φακέλων για την εισαγωγή των θεμάτων στο Τοπικό Συμβούλιο Μνημείων Ιονίων Νήσων, καθώς και για τη σύνταξη προτάσεων προς τις οικείες Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας για την εισαγωγή θεμάτων στο ΚΑΣ ή στο Συμβούλιο Μουσείων, όπως ορίζει η κείμενη νομοθεσία.

Η Εφορεία Αρχαιοτήτων Ζακύνθου, στα πλαίσια των αρμοδιοτήτων της, συνεργάζεται με τις αντίστοιχες Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας και τις λοιπές Υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού, Παιδείας και Θρησκευμάτων. Για την υλοποίηση των ανωτέρω στόχων και δράσεων της Εφορείας, βασικό νομικό πλαίσιο αποτελούν ο Ν. 3028/2002 (ΦΕΚ 153/Α/28.6.2002) «Για την προστασία των Αρχαιοτήτων και εν γένει της Πολιτιστικής Κληρονομιάς» και το Π.Δ. 99/1992 (ΦΕΚ 46/Α/24.3.1992) για τη μελέτη και εκτέλεση αρχαιολογικών εν γένει έργων, όπως ισχύουν.