​H οργάνωση και λειτουργία του τμήματος καθορίζονται σύμφωνα με τα οριζόμενα στο άρθρο 46, του ΠΔ 4/2018 (ΦΕΚ 7/Α/22-01-2018).
Το Τμήμα Προστασίας Νεωτέρων Μνημείων και Κινητών Πολιτιστικών Αγαθών είναι αρμόδιο για:
α΄) την καταγραφή κινητών και ακινήτων πολιτιστικών αγαθών και της άυλης κληρονομιάς, που συνδέεται με αυτά, την τεκμηρίωση για το χαρακτηρισμό τους ως Νεωτέρων Μνημείων, Κινητών Πολιτιστικών Αγαθών και Ιστορικών Τόπων.
β΄) την τεκμηρίωση για τη θέσπιση ειδικών όρων δόμησης και χρήσεων γης στον περιβάλλοντα των μνημείων χώρο.
γ΄) την έκδοση εγκρίσεων εκτέλεσης εργασιών σε μεμονωμένα μνημεία, σε μνημειακά σύνολα, στον περιβάλλοντα χώρο τους, καθώς και σε ιστορικούς τόπους. Την έγκριση για την αλλαγή χρήσης, τη σύμφωνη γνώμη για την έκδοση αδειών κατεδάφισης, την εποπτεία έργων αποκατάστασης από τρίτους, και τη διενέργεια σωστικών επεμβάσεων.
δ΄) την καταγραφή, τη συλλογή, τον χαρακτηρισμό, την προστασία, την εποπτεία και τη διαφύλαξη των νεώτερων κινητών μνημείων σε συνεργασία με το Τμήμα Τεκμηρίωσης και Προστασίας Κινητών Πολιτιστικών Αγαθών της Διεύθυνσης Νεώτερης Πολιτιστικής Κληρονομιάς της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς.
ε΄) την εξέταση και έγκριση αιτημάτων παραχώρησης ιστορικών τόπων και μνημείων σε φορείς του Δημοσίου, των ΟΤΑ αλλά και ιδιωτών για την πραγματοποίηση εκδηλώσεων, που συνάδουν με τον χαρακτήρα των μνημείων, κατ’ εφαρμογή του άρθρου 46 του Ν.3028/2002 (Α΄153), όπως εκάστοτε ισχύει.
στ΄) την εξέταση και έγκριση αιτημάτων φωτογράφησης και κινηματογράφησης ιστορικών τόπων και νεώτερων μνημείων από φορείς του Δημοσίου, των ΟΤΑ αλλά και ιδιωτών.