Το Τμήμα Προκλασικών, Κλασικών, Ελληνιστικών και Ρωμαϊκών Αρχαιοτήτων είναι αρμόδιο για την έρευνα, μελέτη, καταγραφή, προστασία, διάσωση, ανάδειξη, δημοσίευση, φωτογραφική τεκμηρίωση και προβολή των έργων και αντικειμένων του Μουσείου, που χρονολογούνται στη γεωμετρική, αρχαϊκή, κλασσική, ελληνιστική και ρωμαϊκή περίοδο.