Το Τμήμα Προϊστορικών και Μινωικών Αρχαιοτήτων είναι αρμόδιο για την έρευνα, μελέτη, καταγραφή, προστασία, διάσωση, ανάδειξη, δημοσίευση, φωτογραφική τεκμηρίωση και προβολή των έργων και αντικειμένων του Μουσείου, που χρονολογούνται στην προϊστορική εποχή (νεολιθική, προανακτορική, παλαιοανακτορική, νεοανακτορική, μετανακτορική και υπομινωική περίοδο).
