Το Τμήμα Αρχαιοτήτων των Προϊστορικών και Ιστορικών Περιόδων της Εφορείας Παλαιοανθρωπολογίας –Σπηλαιολογίας είναι αρμόδιο για τη διαχείριση, προστασία και έρευνα των σπηλαίων που συνδέονται με την ανθρώπινη ύπαρξη.

Αναλυτικότερα, είναι αρμόδιο για τον προγραμματισμό και την πραγματοποίηση αυτοψιών, ανασκαφών και κάθε είδους ερευνητικών προγραμμάτων ή την εποπτεία τους σε σπήλαια, για τον εντοπισμό και την εξερεύνηση νέων σπηλαίων, καθώς και για τη διάσωση και προστασία των καταλοίπων που βρίσκονται μέσα σε σπήλαια. Έχει την φροντίδα για τον ευπρεπισμό, τη διαμόρφωση του χώρου των σπηλαίων και του περιβάλλοντος φυσικού τοπίου, καθώς και για την καταγραφή των σπηλαίων και την οριοθέτηση αρχαιολογικών χώρων και ζωνών προστασίας για τα σπήλαια. Επίσης, έχει την μέριμνα για την προστασία, μελέτη και ανάδειξη των ευρημάτων που προέρχονται από τα σπήλαια μέσα από την παρουσίασή τους σε μόνιμες και περιοδικές εκθέσεις στα μουσεία της Εφορείας ή σε άλλα μουσεία ή σε εκπαιδευτικές, επικοινωνιακές και επιστημονικές δράσεις. Ειδικότερα, είναι αρμόδιο και για την οργάνωση εργαστηρίου Λιθοτεχνίας, με σκοπό την προώθηση της έρευνας και μελέτης της τεχνολογίας που αφορά την κατασκευή εργαλείων από λίθο.​