Το Τμήμα Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Αρχαιολογικών Χώρων, Μνημείων, Αρχαιογνωστικής Έρευνας και Μουσείων, το οποίο χειρίζεται θέματα που αφορούν σε αρχαιολογικούς χώρους, μνημεία και ιστορικούς τόπους, που χρονολογούνται από τον 4ο αι. μ,χ, έως το 1830 μ.Χ., καθώς και σε νεώτερα θρησκευτικά μνημεία από το 1830 και εξής είναι αρμόδιο για :
   αα)  Την προστασία και τη  διαχείριση αρχαιολογικών χώρων, μνημείων και ιστορικών τόπων, τον προγραμματισμό και τη διενέργεια ανασκαφών και οποιασδήποτε μορφής αρχαιολογικής έρευνας, τον προγραμματισμό και την εκτέλεση έργων σε συνέργεια με τα ανάλογα τμήματα της Διεύθυνης Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Αρχαιοτήτων, για την προστασία, συντήρηση, αναστήλωση, διαμόρφωση και ανάδειξη των αρχαιολογικών χώρων, μνημείων και ιστορικών τόπων, την προστασία του φυσικού τοπίου που τα περιβάλλει και την εξέταση αιτημάτων εκτέλεσης έργων που τα επηρεάζουν άμεσα ή έμμεσα σε συνεργασία με τις αρμόδιες υπηρεσίες της Γενικής Διεύθυνσης Αναστήλωσης Μουσείων και Τεχνικών Έργων.
   ββ)  Την αρχαιολογική μελέτη και αξιολόγηση των τεχνικών έργων επί ή πλησίον αρχαιολογικών χώρων και μνημείων και των έργων συντήρησης επί μνημείων, αντικειμένων και έργων τέχνης και την επιστημονική μελέτη παντός θέματος σχετικού με τα παραπάνω αναφερόμενα. Την προώθηση απαλλοτροιώσεων και την καταβολή αποζημιώσεων για τη στέρηση χρήσης ακίνητης περιουσίας για αρχαιολογικούς σκοπούς, τη συνεργασία με φορείς της Τοπικής Αυτοδιοίκησης και άλλοους συμβαλλόμενους με σκοπό τη σύνταξη προγραμμτικών συμβάσεων με αυτούς για την έρευνα, προστασία, αποκατάσταση και ανάδειξη αρχαιολογικών χώρων και  μνημείων.
   γγ)   Την εποπτεία των ερευνών των επιστημονικών, ερευνητικών και εκπαιδευτικών οργανισμών της ημεδαπής και των αλλοδαπών αρχαιολογικών σχολών και ινστιτούτων, που είναι εγκαταστημένες στην Ελλάδα.
   δδ)  Την εποπτεία των υπαγομένων σε Εφορείες Αρχαιοτήτων Επιστημονικών Επιτροπών για τη μελέτη και εκτέλεση έργων.
    εε)    Την τήρηση αρχείου των ανασκαφών και άλλων αρχαιολογικών ερευνών, την καταγραφή κα ηλεκτρονική καταχώριση κινητών και ακινήτων αρχαιολογικών ευρημάτων, την κατάρτιση αρχείου φωτογραφιών, σχεδίων, χαρτών, κηρύξεων και την συγκρότηση - ενημέρωση αρχείου κατόχων αρχαίων και αρχαιοπωλείων.
    στ)   Τη συμβολή στην πάταξη της αρχαιοκαπηλίας, την τήρηση και ενημέρωση αρχείου λαθρανασκαφών, κατασχέσεων και κλοπών πολιτιστικών αγαθών, καθώς και την προεργασία για τη χορήγηση άδειας χρήσης ανιχνευτών μετάλλου.
   ζζ)  Την αρχαιολογική τεκμηρίωση, μελέτη και δημοσίευση των παλαιών ανασκαφών, την υλοποίηση, ερευνητικών προγραμμάτων, την οργάνωση και λειτουργία της βιβλιοθήκης της Εφορείας. Την εν γένει προώθηση της εκδοτικής δραστηριότητας που αφορά σε μνημεία, αρχαιολογικούς χώρους, κινητά ευρήματα, και συλλογές αρμοδιότητας της Εφορείας. Την ανάδειξη του αρχαιολογικού αποθέμταος με πολυμεσικές εφαρμογές μέσω διαδικτύου.
   ηη)  Τη διαχείρηση των μουσείων και των συλλογών αρμοδιότητας της Εφορείας, την εκπόνηση και εφαρμογή μουσειολογικών μελετών, την έκθεση των αρχαιολογικών αντικειμένων. Την χορήγηση άδειας μελέτης αρχαίων αντικειμένων εντός των μουσείων και των συλλογών, τη χορήγηση άδειας εξαγωγής μη προστατευομένων από τη νομοθεσία αντικειμένων, το σχεδιασμό την οργάνωση και την παρουσίαση αρχαιολογικών, περιοδικών ή  μονίμων, εκθέσεων σε συνεργασία με τις αρμόδιες Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας.
   θθ)  Το σχεδιασμό, την οργάνωση και την παρουσίαση αρχαιολογικών περιοδικών εκθέσεων, προγραμμάτων, δραστηριοτήτων και εκδηλώσεων σε ειδικούς χώρους, καθώς και τη χορήγηση αδειών ελευθέρας εισόδου στους αρχαιολογικούς χώρους και τα μουσεία. Τη συμμετοχή σε διεθνής και ευρωπαϊκά προγράμματα, τη διοργάνωση και τη συμμετοχή σε ημερίδες, συνέδρια, σεμινάρια και εκπαιδευτικές δράσεις για θέματα που αφορούν στις αρμοδιότητες του Τμήματος.
   ιι)  Την ετήσια κατάρτιση του Προγράμματος Δράσης της Εφορείας και σύνταξη προτάσεων για την ένταξη νέων έργων σε συχγρηματοδοτούμενα προγράμματα.