Στην αρμοδιότητα του Τμήματος υπάγονται όλα τα θέματα που αφορούν στις αρχαιότητες των δύο νησιών που χρονολογούνται από την Προϊστορική Εποχή μέχρι και την Ύστερη Αρχαιότητα, καθώς και η μέριμνα για την εφαρμογή της ισχύουσας νομοθεσίας περί προστασίας των αρχαιοτήτων και της πολιτιστικής κληρονομιάς.
Tο Τμήμα Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων και Μουσείων, είναι αρμόδιο για: αα) Την προστασία και τη διαχείριση αρχαιολογικών χώρων, μνημείων και ιστορικών τόπων, τον προγραμματισμό και τη διενέργεια ανασκαφών και οποιασδήποτε μορφής αρχαιολογικής έρευνας, την εκπόνηση μελετών, τον προγραμματισμό και την εκτέλεση έργων, για την προστασία, συντήρηση, αποκατάσταση, διαμόρφωση και ανάδειξη των αρχαιολογικών χώρων, μνημείων και ιστορικών τόπων, την προστασία του φυσικού τοπίου που τα περιβάλλει και την εξέταση αιτημάτων εκτέλεσης έργων που τα επηρεάζουν άμεσα ή έμμεσα σε συνεργασία με τις αρμόδιες υπηρεσίες. ββ) Τη μελέτη και αξιολόγηση από αρχαιολογικής πλευράς των τεχνικών έργων επί ή πλησίον αρχαιολογικών χώρων και μνημείων και των έργων συντήρησης επί μνημείων, αρχαίων αντικειμένων και έργων τέχνης και την επιστημονική μελέτη παντός θέματος σχετικού με τα παραπάνω αναφερόμενα. Την προώθηση απαλλοτριώσεων και της καταβολής αποζημιώσεων για τη στέρηση χρήσης ακίνητης περιουσίας για αρχαιολογικούς σκοπούς, τη συνεργασία με φορείς της Τοπικής Αυτοδιοίκησης και άλλους συμβαλλόμενους με σκοπό τη σύνταξη προγραμματικών συμβάσεων με αυτούς για την έρευνα, προστασία, αποκατάσταση και ανάδειξη αρχαιολογικών χώρων και μνημείων. γγ) Την εποπτεία των ερευνών των επιστημονικών, ερευνητικών και εκπαιδευτικών οργανισμών της ημεδαπής και των αλλοδαπών αρχαιολογικών σχολών και ινστιτούτων, που είναι εγκατεστημένες στην Ελλάδα. δδ) Την εποπτεία Επιστημονικών Επιτροπών για τη μελέτη και εκτέλεση έργων. εε) Τη χορήγηση άδειας προσωρινής χρήσης αρχαιολογικών χώρων μνημείων και Μουσείων, κατά την έννοια του άρθρου 46 ν. 3028/2002, όπως εκάστοτε ισχύει, εκτός όσων εμπίπτουν στην αρμοδιότητα της Διεύθυνσης Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. στστ) Την εξέταση και έγκριση αιτημάτων φωτογράφησης, κινηματογράφησης αρχαιολογικών χώρων, μνημείων και Μουσείων από φορείς του Δημοσίου, των ΟΤΑ, ιδιωτών και εν γένει τρίτων. ζζ) Την εξέταση και έγκριση αιτημάτων χρήσης απεικονίσεων αρχαιολογικών χώρων και μνημείων στο Διαδίκτυο ή με τη εν γένει χρήση Τεχνολογιών Πληροφορικής και Επικοινωνίας από φορείς του Δημοσίου, των ΟΤΑ, ιδιωτών τα οποία δεν εμπίπτουν στην αρμοδιότητα της Διεύθυνσης Διαχείρισης Εθνικού Αρχείων Μνημείων. ηη) Τη διαχείριση των μουσείων και των συλλογών αρμοδιότητος του Τμήματος (και σε συνεργασία με το Τμήμα Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Αρχαιοτήτων και Μουσείων σε περίπτωση διαχρονικών μουσείων – συλλογών), την εκπόνηση και εφαρμογή μουσειολογικών μελετών, την έκθεση των αρχαιοτήτων. Επιπλέον, τη χορήγηση άδειας μελέτης αρχαιοτήτων εντός των μουσείων και των συλλογών, τη χορήγηση άδειας εξαγωγής μη προστατευομένων από τη νομοθεσία αντικειμένων, το σχεδιασμό, την οργάνωση και την παρουσίαση αρχαιολογικών, περιοδικών ή μονίμων, εκθέσεων, σε συνεργασία με τις αρμόδιες Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας. θθ) Το σχεδιασμό, την οργάνωση και την παρουσίαση αρχαιολογικών περιοδικών εκθέσεων, προγραμμάτων, δραστηριοτήτων και εκδηλώσεων σε ειδικούς χώρους, σε μουσεία, αρχαιολογικούς χώρους και σε σχολικούς χώρους, καθώς και τη χορήγηση αδειών ελευθέρας εισόδου στους αρχαιολογικούς χώρους και τα μουσεία. ιι) Την τήρηση αρχείου των ανασκαφών και άλλων αρχαιολογικών ερευνών, την καταγραφή και ηλεκτρονική καταχώρηση κινητών και ακινήτων αρχαιολογικών ευρημάτων, την κατάρτιση αρχείου φωτογραφιών, σχεδίων, χαρτών, κηρύξεων και την συγκρότηση – ενημέρωση αρχείου κατόχων αρχαίων και αρχαιοπωλείων. ιαια) Τη συμβολή στην πάταξη της αρχαιοκαπηλίας, την τήρηση και ενημέρωση αρχείου λαθρανασκαφών, κατασχέσεων και κλοπών πολιτιστικών αγαθών, καθώς και την προεργασία για τη χορήγηση άδειας χρήσης ανιχνευτών μετάλλου. ιβιβ) Την αρχαιολογική τεκμηρίωση, μελέτη και δημοσίευση των παλαιών ανασκαφών, την υλοποίηση ερευνητικών προγραμμάτων, την οργάνωση και λειτουργία της βιβλιοθήκης της Εφορείας. Την εν γένει προώθηση της εκδοτικής δραστηριότητας που αφορά σε μνημεία, αρχαιολογικούς χώρους, κινητά ευρήματα και συλλογές αρμοδιότητας της Εφορείας. Την ανάδειξη του αρχαιολογικού αποθέματος με πολυμεσικές εφαρμογές μέσω του διαδικτύου. ιγιγ) Την εξέταση και προώθηση αιτημάτων μελέτης και δημοσίευσης μη δημοσιευμένου αρχαιολογικού υλικού και μη δημοσιευμένων μνημείων, προς το Τμήμα Εποπτείας Ελληνικών και Αλλοδαπών Επιστημονικών Ιδρυμάτων και Συντονισμού Θεμάτων Διεθνών Συνεργασιών και Οργανισμών της ΔΙΠΚΑ. Τη χορήγηση άδειας μελέτης και δημοσίευσης ήδη δημοσιευμένου υλικού και μνημείων, καθώς και την εξέταση και προώθηση προς τις αρμόδιες υπηρεσίες της Γ.Δ.Α.Μ.Τ.Ε. αιτημάτων μελέτης και δημοσίευσης αναστηλωτικών επεμβάσεων επί ισταμένων μνημείων. ιδιδ) Την παραχώρηση προσωρινής χρήσης χώρων Μουσείων όπου δεν εκτίθενται αρχαιότητες, για την πραγματοποίηση καλλιτεχνικών και λοιπών πολιτιστικών εκδηλώσεων και τη χορήγηση σχετικών αδειών.​