Το Τμήμα Εποπτείας Ελληνικών και Αλλοδαπών Επιστημονικών Ιδρυμάτων και Συντονισμού Θεμάτων Διεθνών Συνεργασιών και Οργανισμών είναι αρμόδιο για:
αα) Τις ανασκαφές ή επιφανειακές ή άλλης μορφής αρχαιολογικές έρευνες, που διενεργούν επιστημονικοί, ερευνητικοί ή εκπαιδευτικοί οργανισμοί της ημεδαπής με εξειδίκευση στον τομέα της αρχαιολογικής ή παλαιοντολογικής έρευνας ή ξένες αρχαιολογικές αποστολές ή σχολές, που είναι εγκατεστημένες στην Ελλάδα, καθώς και τις συστηματικές ανασκαφές και λοιπές αρχαιολογικές έρευνες, η διεύθυνση των οποίων έχει ανατεθεί σε στελέχη του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού, σύμφωνα με το άρθρο 36 του ν. 3028/2002.
ββ) Τη μέριμνα για την ίδρυση Ελληνικών Αρχαιολογικών Σχολών ή Ινστιτούτων στην Αλλοδαπή και την παρακολούθησή τους, την οργάνωση προσωρινών αρχαιολογικών αποστολών στον ευρύτερο χώρο παρουσίας του Ελληνισμού στο εξωτερικό, καθώς και τον έλεγχο της ίδρυσης ξένων αρχαιολογικών σχολών ή ινστιτούτων με έδρα την Ελλάδα.
γγ) Το χειρισμό των διεθνών αρχαιολογικών θεμάτων που αφορούν σε Διεθνείς Οργανισμούς ή Θεσμικά Όργανα, καθώς και το χειρισμό διακρατικών και μορφωτικών προγραμμάτων για την πολιτιστική κληρονομιά, προγραμματικών και επιστημονικών συμφωνιών και ανταλλαγών επιστημονικών αποστολών, την υποδοχή και ενημέρωση αντιπροσωπειών ξένων κρατών επί θεμάτων πολιτιστικής κληρονομιάς.
δδ) Την ενημέρωση επί θεμάτων που άπτονται μνημείων της αρμοδιότητας του Τμήματος, τα οποία ευρίσκονται εκτός της ελληνικής επικράτειας.
εε) Τη χορήγηση αδειών μελέτης αρχαιολογικού υλικού σε ερευνητές, καθώς και την εισήγηση προς τη συναρμόδια Διεύθυνση επί αιτημάτων δειγματοληψίας αρχαιολογικού υλικού για ερευνητικούς σκοπούς.
στστ) Την προώθηση αιτημάτων απαλλοτριώσεων που αφορούν σε χώρους όπου εκτελούνται συστηματικές αρχαιολογικές έρευνες.
ζζ) Την παρακολούθηση των προγραμματικών συμβάσεων του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού με φορείς της Τοπικής Αυτοδιοίκησης ή άλλους συμβαλλόμενους.
ηη) Την προώθηση προτάσεων χορηγιών για θέματα του Τμήματος στο Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο.