Το Τμήμα Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιολογικών Χώρων, Μνημείων και Αρχαιολογικών Έργων είναι αρμόδιο για:
αα) Τη διατήρηση, την προστασία, την ανάδειξη, την οργάνωση, τη διαμόρφωση και τη διαχείριση των αρχαιολογικών χώρων, μνημείων και ιστορικών τόπων, την επιστημονική μελέτη των συναφών ζητημάτων, καθώς και την διαρκή ενημέρωση των σχετικών δεδομένων του Αρχαιολογικού Κτηματολογίου.
ββ) Την παρακολούθηση των σωστικών αρχαιολογικών ανασκαφών ή εργασιών, έως την τελική δημοσίευση των σχετικών αποτελεσμάτων και τη λήψη μέτρων συντήρησης, προστασίας και τακτοποίησης των ανασκαφικών ευρημάτων.
γγ) Την αρχαιολογική τεκμηρίωση και παρακολούθηση των τεχνικών έργων και των έργων συντήρησης και ανάδειξης σε αρχαιολογικούς χώρους, μνημεία ή πλησίον μνημείων και πολιτιστικών αγαθών, καθώς και τη διατύπωση γνώμης για την έγκριση μελετών, για την εκτέλεση των έργων αυτών.
δδ) Την υποστήριξη των έργων ανάδειξης, διαμόρφωσης, οργάνωσης, διαχείρισης, συντήρησης, αποκατάστασης και προστασίας αρχαιολογικών χώρων και μνημείων, που πραγματοποιούνται από τις Περιφερειακές και Ειδικές Περιφερειακές Υπηρεσίες (εκτός των Δημοσίων Μουσείων) του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού, την προώθηση και επίσπευση των σχετικών διοικητικών διαδικασιών, την παρακολούθηση συγχρηματοδοτούμενων έργων ή προγραμμάτων έως την οριστική παραλαβή τους και την τήρηση στατιστικών δεδομένων για αυτά.
εε) Τη φροντίδα για την ετήσια κατάρτιση του Προγράμματος Δράσης των Εφορειών Αρχαιοτήτων και την επεξεργασία των προτάσεων των Εφορειών Αρχαιοτήτων για την ένταξη νέων έργων σε συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα, σε συνεργασία με λοιπές αρμόδιες οργανικές μονάδες της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς. Την εποπτεία των υπαγομένων στη ΔΙΠΚΑ Επιστημονικών Επιτροπών για τη Μελέτη και την Εκτέλεση Έργων.
στστ) Την παραχώρηση προσωρινής χρήσης αρχαιολογικών χώρων και μνημείων για την πραγματοποίηση καλλιτεχνικών και λοιπών πολιτιστικών εκδηλώσεων και τη χορήγηση σχετικών αδειών.
ζζ) Την προώθηση προτάσεων χορηγιών για θέματα του Τμήματος στο Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο.
ηη) Την τήρηση στατιστικών δεδομένων, σε συνεργασία με τις συναρμόδιες υπηρεσίες της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς και το Ταμείο Αρχαιολογικών Πόρων, αναφορικά με την επισκεψιμότητα των αρχαιολογικών χώρων και μνημείων.