Οι αρμοδιότητες του Ε.Κ.Β.Μ.Μ. σύμφωνα με τους σκοπούς του είναι:η προώθηση σε ευρωπαϊκό και διεθνές πεδίο της επιστημονικής έρευνας στους τομείς της μουσειολογίας και μουσειογραφίας, της ανασκαφής, αποκατάστασης, συντήρησης, ανάδειξης και μελέτης των βυζαντινών και μεταβυζαντινών χώρων, μνημείων και έργων. Το Ευρωπαϊκό Κέντρο Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων ιδρύθηκε με το νόμο Ν 2557/97 ως Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου, εποπτευόμενο από το Υπουργείο Πολιτισμού με έδρα την Θεσσαλονίκη. Η λειτουργία και η εσωτερική του οργάνωση ρυθμίζεται από το Καταστατικό Λειτουργίας με απόφαση του Υπουργού Πολιτισμού. Σκοπός του είναι η προώθηση σε Ευρωπαϊκό και Διεθνές πεδίο της επιστημονικής έρευνας στους τομείς της μουσειολογίας, μουσειογραφίας, ανασκαφής, αποκατάστασης, συντήρησης, ανάδειξης και μελέτης των βυζαντινών και μεταβυζαντινών χώρων, μνημείων και έργων. Στον σκοπό αυτό περιλαμβάνεται: 1) η διοργάνωση σεμιναρίων και κύκλων μαθημάτων, 2) η χορήγηση υποτροφιών για την εκπόνηση επιστημονικών μελετών, 3) η συμμετοχή σε εθνικά ή διεθνή προγράμματα επιστημονικής έρευνας και τεχνολογικής ανάπτυξης, 4) η συμμετοχή σε επιστημονικές δραστηριότητες και αποστολές διεθνών οργανισμών, 5) η εκπόνηση και δημοσίευση επιστημονικών μελετών και κάθε άλλη πρόσφορη επιστημονική διαδικασία. Το Ε.Κ.Β.Μ.Μ. διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο έχει αποφασιστικό ρόλο. Το Ε.Κ.Β.Μ.Μ. έχει τέσσερεις οργανικές μονάδες των οποίων προϊσταται Διευθυντής.Οι πόροι του Ε.Κ.Β.Μ.Μ. μπορούν να προέρχοναι από κρατική επιχορήγηση, επιχορήγηση του ΤΑΠΑ, από εκδηλώσεις και παραγωγές, από εισφορές, δωρεές, χορηγίες, επιχορηγήσεις, κληρονομίες, κληροδοσίες, καταπιστεύματα, ενισχύσεις και επιχορηγήσεις από την UNESCO κ.λ.π.