Ο τεράστιος όγκος βροχής που έπεσε στην περιοχή των Μαλίων προκάλεσε εκτεταμένες πλημμύρες στις αγροτικές εκτάσεις που περιβάλλουν το ανάκτορο. Η μεγάλη αγροτική έκταση ανατολικά του χώρου στάθμευσης πλημμύρισε παρόλο που η αρμόδια υπηρεσία είχε τοποθετήσει υπόγειο αγωγό παροχέτευσης των ομβρίων. Υπάρχει και δεύτερος αγωγός, αλλά τα ύδατα της βροχής έρρεαν, επί ώρα, με ορμή κατά μήκος της περίφραξης και εισήλθαν στον αρχαιολογικό χώρο με αποτέλεσμα να πλημμυρίσει η συνοικία των εργαστηρίων, που είναι υπόσκαφη. Η Εφορος Αρχαιοτήτων Ηρακλείου Β. Συθιακάκη ζήτησε τη συνδρομή του Δημάρχου της Χερσονήσου, ο οποίος ανταποκρίθηκε αμέσως στέλνοντας εκσκαπτικό μηχάνημα για να συνδράμει στην αντιμετώπιση του προβλήματος. Τοποθετήθηκε πρόχειρο ανάχωμα το οποίο όμως ελάχιστα κατάφερε να ανασχέσει την εισροή των υδάτων.
Μεγάλος όγκος υδάτων εισήλθε και στο εσωτερικό των ανεσκαμμένων χώρων από τα στέγαστρα προστασίας, καθώς τα κανάλια απορροής των ομβρίων υπερχείλισαν από την ένταση της βροχής. Διαπιστώθηκε ότι η κλίση των καναλιών απορροής είναι εσφαλμένη με αποτέλεσμα να μην λειτουργούν ικανοποιητικά σε βροχή μεγάλης έντασης. Αλλά και η στάθμη του εδάφους περιμετρικά των ανεσκαμμένων χώρων είναι υψηλότερη και δεν έχουν προβλεφθεί αποστραγγιστικές τάφροι. Ετσι, τα όμβρια που απορρέουν από τα στέγαστρα και τα πέριξ αυτών, κατέληξαν στο εσωτερικό των χώρων, τόσο του Quartier Mu -συνοικία εργαστηρίων- όσο και στον παρακείμενο χώρο της Υπόστυλης Κρύπτης, παρά την ύπαρξη φρεατίου απορροής. Κατά τη σημερινή αυτοψία, διαπιστώθηκε ότι επικάθησε στα δάπεδα παχύ στρώμα λάσπης το οποίο, θα απομακρυνθεί από τους συντηρητές, όταν στεγνώσει. Τότε θα είναι εφικτή η συνολικότερη αποτίμηση της κατάστασης των επιχρισμάτων. Πάντως μέχρι στιγμής, δεν υπάρχουν καταρρεύσεις τοίχων ή άλλες σοβαρές καταστροφές. Οι μηχανικοί και συντηρητές της Εφορείας θα συντάξουν λεπτομερείς τεχνικές εκθέσεις για την αντιμετώπιση των προβλημάτων.
Η Υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού αφού ενημερώθηκε από την αρμόδια Εφορο κ. Β. Συθιακάκη δήλωσε τα εξής:
«Μετά τα δύο ακραία καιρικά φαινόμενα που έπληξαν σε διάστημα ενός μηνός τον αρχαιολογικό χώρο, στα Μάλια, οι αρμόδιες υπηρεσίες του ΥΠΠΟΑ θα μελετήσουν την κατασκευή ενός εκτεταμένου, σωστά σχεδιασμένου, αποστραγγιστικού δικτύου σε συνδυασμό με περιμετρικά τοιχία για τη συγκράτηση των ομβρίων, γύρω από τα υπόσκαφα. Επειδή η άσφαλτος βρίσκεται σε υψηλότερη στάθμη από τον αρχαιολογικό χώρο, οι υπηρεσίες θα συνεργαστούν με το Δήμο Χερσονήσου για την κατασκευή ενός αποστραγγιστικού δικτύου κατά μήκος της δημοτικής οδού, όπως και τοιχίο προστασίας του αρχαιολογικού χώρου. Τις επόμενες μέρες θα επισκεφθώ τα Μάλια, ώστε σε συνεργασία με την Περιφέρεια Κρήτης να βρεθούν οι δυνατές λύσεις τόσο για τα όμβρια, όσο και για την πυροπροστασία στο χώρο που είναι ανύπαρκτη. Σημειώνω ότι το ανάκτορο των Μαλίων συγκαταλέγεται στην λίστα των 6 ανακτόρων που είναι υποψήφια για ένταξη στον Κατάλογο Μνημείων Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO».
